ERIC-PCR和Sau-PCR对单增李斯特菌分型稳定性研究

为了研究肠杆菌间重复序列-聚合酶链式反应(ERIC-PCR)和Sau-PCR两种现代分子分型方法对单增李斯特菌(LM)分型的稳定性,取分离自广州市菜市场、超市及厦门某食品加工厂不同食品来源的5株单增李斯特菌进行实验,分别将这5株单增李斯特菌株进行室温放置培养和传代培养,提取室温放置培养24 h、48 h、和72 h及传代培养至第5代、10代、15代和20代的基因组DNA,然后同时进行ERIC-PCR和Sau-PCR分型,观察随着放置时间延长及传代次数增加其指纹图谱的变化。结果显示,5株单增李斯特菌在室温放置培养及传代培养后除部分条带发生缺失外均未出现条带增加现象,整体条带变化不大,两种分型方法的同源性分别在92%和94%以上,表明ERIC-PCR和Sau-PCR两种分型方法在室温放置培养72 h和传代培养20代内对单增李斯特菌分型相对比较稳定,具有流行病学意义。     

ERIC-PCR技术对单增李斯特菌的溯源分析

以质控菌株ATCC 19115为对照,采用ERIC-PCR方法对从三个市场猪肉样品分离到的17株单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)进行了基因分型,探讨了单增李斯特菌基因型与区域分布及流行性的关联性.结果表明,17株单增李斯特菌菌株可分为六个主要基因类群,其中Ⅳ型菌株最多,为主要污染类群,而这些菌株来自于市场三;市场一和市场二分离到的菌株主要分别为Ⅰ型和Ⅳ型.因此,ERIC-PCR方法适用于对单增李斯特菌的溯源分析和流行病学调查,具有简单、方便、快捷、准确的特点.     

食品中单增李斯特菌的血清分型及脉冲场凝胶电泳分型

对进口食品和国内食品中的单增李斯特菌进行血清学分型和分子分型研究,探讨不同来源菌株之间的遗传相关性及不同分型方法之间的联系。对分离的单增李斯特菌进行血清学分型和脉冲场凝胶电泳分型。69株单增李斯特菌分为4种血清型,主要血清型为1/2a(3a)型,脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分型分为55种带型,主要型别为GX6A12.CN0018。食品中的单增李斯特菌分子型别呈现多态性,进口食品分离株和国内食品分离株之间无相关性。     

熟肉制品中单核细胞增生李斯特氏菌耐药及致病的遗传分析

目的 获得中国不同省份熟肉制品中的33株单核细胞增生李斯特氏菌(单增李斯特菌)的抗生素敏感性特征图谱,并运用全基因组测序对菌株进行耐药和致病的基因遗传分析。方法 采用微量肉汤稀释法对33株熟肉制品中的单增李斯特菌进行药敏测定,同时进行高精度框架图测序,基因组序列经组装后通过相应的生物信息学流程进行数据分析。结果 33株单增李斯特菌对于氨苄青霉素、复方新诺明、庆大霉素、万古霉素、美罗培南共计5种抗生素结果均为敏感。1株单增李斯特菌耐受2种抗生素,分别为四环素和红霉素。全基因组测序分析表明:33株单增李斯特菌分属13个多位点序列分型(MLST)型别,其中ST9、ST87和ST121为主要型别,耐药株为ST87型。耐药株基因型与表型相关联。耐药基因上下游遗传环境分析表明,这些基因的可能来源为猪丹毒杆菌或Blautia producta。所有分离株均携带致病基因岛LIPI-1和LIPI-2,7株携带LIPI-3,8株携带LIPI-4(1株ST121、7株ST87)。结论 熟肉制品中单增李斯特菌存在获得性耐药,同时由于其携带了更多的毒力基因而产生潜在的高致病性菌株。本研究表明应加强对熟肉制品中单增李斯特菌,尤其是ST87型的监测和风险评估。     

基于全基因组测序的单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子特征分析

目的 了解肇庆市单核细胞增生李斯特菌(以下简称单增李斯特菌)食品分离株的基因组特征、毒力岛的携带情况及遗传多样性。方法 对肇庆市13株单增李斯特菌食品分离株进行全基因组测序,将组装好的contings/Scaffolds上传至在线分析平台Center for Genomic Epidemiology、Rast和VFanalyzer进行基因组注释与毒力因子基因鉴定,并应用基于全基因组测序的单核苷酸多态性分型(wg-SNPs)方法与美国生物技术信息中心(NCBI)上获取的25株国内外单增李斯特菌的基因组进行遗传进化分析。结果 13株单增李斯特菌食品分离株的基因组大小为2.82～3.04 Mb,CG含量为37.9%～38.1%,可分为6个ST型(ST1、ST3、ST8、ST59、ST87、ST101),分属于6个克隆复合群(CC1、CC3、CC8、CC59、CC87、CC101)。其中,ST3型菌株均携带LIPI-3毒力岛基因,ST87型菌株均携带完整LIPI-4毒力岛基因。wg-SNPs遗传进化分析显示13株单增李斯特菌食品分离株可分为2个进化分支,其中ST3型菌株位于进化树的根部,与其他ST型菌株进化上存在差异。结论 肇庆市单增李斯特菌食品分离株以高毒力的ST87型和ST3型为流行型,并发现一株同时携带LIPI-1～LIPI-4毒力岛的ST87型菌株,应加强对此类菌株的监测,警惕高毒力菌株在肇庆市引起感染性暴发的风险。     

食品中单核细胞增生性李斯特菌的快速分离鉴定

单核细胞增生性李斯特菌(Listeria monocytogenes,简称单增李斯特菌)是一种重要的食源性致病菌,能引起人畜共患李斯杆菌病。本文采用两种不同的增菌分离方法从散装牛奶和猪肉中共分离得到8株单增李斯特菌。通过革兰氏染色、生化鉴定、PCR扩增hlyA基因、16SrDNA测序、血清分型等一系列实验对可疑菌株进行分析鉴定。综合实验结果和其他单增李斯特菌分离标准,探讨开发了一种快速分离鉴定单增李斯特菌的方法,该方法可在4～5d内完成单增李斯特菌的分离检测过程。     

食源性单增李斯特菌与英诺克李斯特菌基因组特征比较

目的 通过全基因组测序对甘肃省市售食品中分离的单增李斯特菌和英诺克李斯特菌基因组特征进行比较分析。方法 收集2021—2022年甘肃省市售食品中分离的25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌作为研究对象,对菌株进行全基因组测序,分析其系统发育谱系、克隆复合群（CC）、序列型（ST）、毒力基因、抗性基因及泛基因组。结果 32株李斯特菌分属单增李斯特菌谱系Ⅰ和Ⅱ及英诺克李斯特菌3个群,单增李斯特菌分为10个亚群,英诺克李斯特菌分为5个亚群,与CC型保持一致,核心基因组多位点序列分型能将各谱系中不同CC型的菌株明显分开,谱系Ⅰ与英诺克李斯特菌的进化关系更近。25株单增李斯特菌均携带李斯特菌毒力岛LIPI-1和内化素基因,不携带LIPI-3,有2株ST87型菌株携带LIPI-4;7株英诺克李斯特菌均不携带LIPI-1和内化素基因,均携带LIPI-4,有5株菌携带LIPI-3。单增李斯特菌有16株携带SSI-1、3株携带SSI-2,7株英诺克李斯特菌均不携带SSI-1,有6株携带SSI-2。李斯特菌的泛基因组大小随着测序基因组数目的增加呈现线性增多,25株单增李斯特菌当菌株数量达到15后核心基因数目稳定在2 272个,占泛基因组基因数目的46.2%,25株单增李斯特菌和7株英诺克李斯特菌共同的核心基因1 487个,当菌株数量达到10后数目趋于稳定。结论 核心基因组多位点序列分型可将不同谱系不同克隆复合群的李斯特菌进行区分,英诺克李斯特菌与单增李斯特菌生化特性相似与其亲缘关系相近有关,致病性差异与英诺克李斯特菌缺失单增李斯特菌特有的毒力基因相关。     

单增李斯特氏菌MALDI-TOF-MS鉴定与分型研究

为建立单增李斯特氏菌的基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)快速鉴定与分型方法,实验收集37株单增李斯特氏菌分离株,应用MALDI-TOF-MS采集图谱,获取独特的蛋白质指纹图谱,汇总成标准图谱,建立单增李斯特氏菌鉴定数据库。采用单增李斯特氏菌标准菌株进行验证,表明鉴定结果的可信度很高。在数据库信息的基础上,对37株单增李斯特氏菌分离株进行聚类分型。分型结果表明,在蛋白质水平上,MALDI-TOF-MS可把37株单增李斯特氏菌分成9个型别。     

2019年北京市食源性单增李斯特菌的分子特征和耐药性研究

研究2019年北京市食源性单增李斯特菌进行分子特征和耐药性。 方法 使用多重PCR进行血清群分型、对分离的56株菌进行脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）、多位点序列分析（multilocus sequence typing, MLST）,使用微量肉汤法检测菌株的耐药性。 结果 56株单增李斯特菌中有28株分离自冷锅串串和中式凉拌菜,1/2a, 3a是主要的血清群。56株菌共分为29个PFGE带型、14个ST型,ST9、ST5、ST8、ST121是其主要的ST型别。2株菌对环丙沙星耐药,1株菌对四环素耐药。结论 冷锅串串和中式凉拌菜是单增李斯特菌污染的高危食品。北京市食品来源单增李斯特菌的ST型别与国内其他地方食品来源菌株一致,与北京市临床分离株一致。     

预包装熟肉制品生产加工过程单核细胞增生李斯特菌污染及病原学特征分析

目的 了解预包装熟肉制品生产加工过程各个环节中单核细胞增生李斯特菌(以下简称单增李斯特菌)污染水平,并分析分离菌株的分子特征及药敏特征,对企业生产质量控制环节提出预防控制措施。方法 2015—2017年在德州市某预包装熟肉制品厂采集生产加工过程中熟肉制品原辅料、中间产品、成品、终产品和环境样品共计460份,依据GB 4789.30—2016《食品安全国家标准 食品微生物学检验 单核细胞增生李斯特氏菌检验》进行单增李斯特菌的检验;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)技术对分离的单增李斯特菌进行分子分型分析;采用微量肉汤稀释法对8种抗生素进行药敏检测。结果 460份样品中单增李斯特菌检出率为17.61%(81/460),2016年单增李斯特菌的检出率最高(22.40%,41/183),不同年份单增李斯特菌检出率差异有统计学意义(χ²=7.28,P＜0.05);成品中单增李斯特菌的检出率最高(54.17%,13/24),不同样品单增李斯特菌的检出率差异有统计学意义(χ²=45.90,P＜0.05);生制品加工车间单增李斯特菌检出率最高(32.50%,39/120),不同车间单增李斯特菌的检出率差异有统计学意义(χ²=40.16,P＜0.05)。81株单增李斯特菌进行PFGE分析获得15个带型,以1型为主。71株单增李斯特菌MLST分析共获得8种ST型,ST9和ST121为优势型别。药敏分析发现,81株分离株中仅有1株对环丙沙星耐药,耐药率为1.23%(1/81)。结论 熟肉制品加工过程各环节中都有可能受到单增李斯特菌污染,且污染有可能持续存在,食品加工企业应采取适当的清洁和消毒措施,严把质量关,减少对加工设备和成品的污染,防止食源性疾病的发生。     

基于ERIC-PCR技术的部分灵芝栽培菌种亲缘关系分析

采用基于肠杆菌基因间重复性一致序列(ERIC-PCR)的技术对灵芝9个栽培菌株和1个野生菌株进行了亲缘关系分析.结果表明,ERIC-PCR技术能够有效地对供试灵芝菌株进行亲缘关系分析,各菌株间表现出较为丰富的遗传多样性.聚类分析表明野生菌株G101与各栽培菌株间亲缘关系最远,其次为菌株212,接下来为菌株919和717,而菌株Sk5和616相似水平达超过95%,表明这2个菌株可能为同株异名菌株.     

不同培养基及培养条件对单增李斯特菌ERIC-PCR分子分型的影响

本研究以实验室保存的26株李斯特氏菌为实验对象,通过ERIC-PCR和凝胶电泳技术对其展开基因分型,并根据分型结果选取不同亚型菌株,进而考虑改变细菌培养条件来探究不同培养基对李斯特菌ERIC-PCR分子分型结果的影响。实验结果初步表明,实验室26株李斯特菌至少可分成11个主要基因类群,其中Ⅰ型菌株最多占有8株,而Ⅲ、Ⅶ、Ⅷ、Ⅸ、Ⅹ以及Ⅺ型均最少,各占1株;同时发现,培养基及培养条件的改变会对LM87、LM109(野生型单增李斯特菌)分型结果产生影响,且这些菌株分型均最少。由此推断,不同的营养机制和培养条件可能会对李斯特菌的基因组稳定性或基因表达带来潜在影响,因此无论是在对LM致病机理的基础研究过程中还是对其进行分子分型鉴定,都必须考虑其寄主来源以及培养条件。     

Sau-PCR分子分型技术及应用

Sau-PCR是2005年新发展的一种限制性内切酶(Sau3AI)酶切和PCR扩增相结合的分子分型技术,该技术是在扩增片段长度多态性(AFLP)和随机扩增多态性DNA片段(RAPD)方法的基础上建立起来的,具有重复性好、简单、快捷等优点,近年来被逐步应用于食品污染和院内感染的分子流行病学调查。本文对Sau-PCR的原理、技术特点及其应用情况等进行了介绍。     

克罗诺杆菌的随机多态性扩增DNA(RAPD)基因分型研究

研究了克罗诺杆菌标准菌株和样品中分离菌株的分子特征,为克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源提供一种有效手段。采用随机引物扩增多态性DNA分析对38株菌株进行基因分型。筛选出1条随机引物,每一菌株可扩增出1～7条DNA片段,片段在400-3500bp,可将8株标准菌株的种间区分开来。以相似性50%为标准,38株克罗诺杆菌按照其遗传差异可以分为8个基因型类群。所建立的RAPD技术可用于克罗诺杆菌的种间鉴别和分子溯源研究。     

蜡样芽孢杆菌ERIC-PCR分子分型方法的建立

为建立简单快速的蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)基因间重复共有序列PCR(ERIC-PCR)的分子分型方法,该研究以B.cereusCMCC 63303的基因组DNA为模板,并采用正交设计L16(45)对影响ERIC-PCR反应体系的五个因素(模板DNA、Mg2+、dNTP、TaqDNA聚合酶、引物)在四个浓度水平上进行优化,并通过单因素试验确定最佳退火温度,最后以优化后的反应体系对50株B.cereus分离株进行ERIC-PCR分子分型和聚类分析验证其稳定性和分型效果。结果显示应用建立的ERIC-PCR反应体系对50株分离株扩增均得到了9-17条、大小在200-4000 bp之间的条带,并可将其分为47个型,且分辨力达到0.996,具有较高稳定性和分辨能力。表明ERIC-PCR技术对B.cereus分型,具有简便和分辨力高等优点,可用于食源性B.cereus分离株的多样性研究。     

空肠弯曲菌分离株ERIC-PCR分型和生化分型的比较研究

建立空肠弯曲菌(Campylobacter jejuni)的ERIC-PCR分子生物学分型技术,比较ERIC-PCR分型和生化分型的分型效果。从菌株TY1273出发,运用L16(54)正交试验,对Mg2+、dNTPs、引物和TaqDNA聚合酶浓度等因素在较大范围水平内进行反应体系条件摸索,得到一个初步的优化体系;在此基础之上进行单因素的进一步小范围水平内的微调优化,得到最终的优化体系;最后以优化的ERIC-PCR方法对24株C.jejuni分离株分型;同时根据API Campy生化反应结果进行生化分型,比较ERIC-PCR分子分型方法和生化分型方法。结果显示ERIC-PCR方法将24株菌扩增均得到大小在100 bp-3000 bp之间的条带,并可将其分为22个基因型,分辨系数为0.92,具有较高的分辨力。生化分型将24株菌分为19个生化型,显示了菌株基因的多样性。表明ERIC-PCR技术比生化分型能更好的体现菌株的遗传多样性,且具有简便和分辨力搞等优点,可用于C.jejuni的多样性研究。     

inlA和inlB基因缺失对单核细胞增生性李斯特菌侵袭HT29结肠癌细胞的影响

单核细胞增生性李斯特菌（Listeria monocytogenes,LM）是人畜共患的食源性致病菌,其可以穿透多个宿主屏障,而内化素蛋白家族被认为是LM穿透宿主屏障过程中起重要作用的毒力因子。本研究利用同源重组的方法构建了LM野生菌株EGDe的inlA和inlB基因双缺失菌株,利用实时荧光定量聚合酶链式反应检测其主要毒力基因表达的变化,并以HT29结肠癌细胞为对象,研究inlA和inlB基因缺失对LM侵袭宿主细胞能力的影响。结果表明基因的缺失对其生长能力没有影响,但多个毒力基因的表达发生了不同程度的变化,同时发现inlA和inlB基因的缺失使LM侵袭HT29结肠癌细胞的能力显著下降（P＜0.05）。本研究成功构建LM的inlA和inlB基因双缺失菌株,并初步研究了基因缺失对LM侵袭宿主细胞能力的影响,为深入研究内化素InlA和InlB在LM入侵宿主细胞过程中的具体作用提供了支持。     

利用分子分类技术监测酒精发酵过程中酵母菌群群落结构变化的可行性研究

利用Delta-PCR、ERIC-PCR以及RAPD-PCR三种分子分类技术对8个酿酒酵母菌株进行分类鉴定。试验结果表明,这三种分子分类技术均能将供试菌株分成若干组,所以都可以用于监测酒精发酵过程中酵母菌群群落结构的变化。     

铜绿假单胞菌基因型与生物被膜形成能力的分析

通过改良的组织平板培养法及ERIC-PCR方法对48株PA生物被膜的形成进行定量分析并绘制其指纹图谱。结果发现48株PA菌株生物被膜形成能力不同,且在17%相似水平上分为A、B、C、D、E五个基因型,其中生物被膜形成能力较弱的菌株大多属于前三个基因型,而D和E基因型则包含了大部分生物被膜形成能力较强的菌株,这表明不同生物被膜形成能力的PA在5个基因型中的分布并非随机的,菌株生物被膜形成能力和基因型之间具有一定的相关性。