基于DNA条形码技术对常见石首鱼科鱼胶的物种鉴定

摘　要：目的　运用DNA条形码技术对常见石首鱼鱼胶进行物种鉴定。方法　通过对26份鱼胶样品基因组DNA提取，PCR扩增COI基因、测序，用BOLD物种鉴定系统，与数据库中已有鱼类序列进行比对分析，鉴定出各鱼胶的物种；根据Kimura双参数模型计算样品序列遗传距离，并将所得序列构建NJ和MP系统发育树，进行聚类分析。结果　26份鱼胶样品通过鉴定引物“Fish-F”、“Fish-R”均可实现扩增，条带清晰单一，扩增和测序成功率均为100%；BOLD鉴定结果显示，26份鱼胶样品中23份能够确定物种来源（相似性达98%以上），包括石首鱼科12属15种鱼类，且多数为外来物种，另外3份鱼胶可推测其近缘物种。此外，系统发育树聚类分析结果与物种鉴定结果一致。结论　目前石首鱼类鱼胶来源物种较多，且多为外来基原鱼种。DNA条形码技术与BOLD鉴定系统相结合，可对大部分鱼胶进行准确的物种鉴定。     

应用DNA条形码技术对深圳市售花胶鱼种鉴定与分析

目的采用基于DNA条形码技术对深圳市售花胶鱼种进行鉴定与分析。方法以细胞色素C氧化酶Ⅰ(cytochrome c oxidase,COⅠ)基因为目标基因,应用DNA条形码技术鉴别深圳各药房和超市零售花胶的种类来源。结果94份花胶样品均扩增出特异性条带。根据BOLD系统鉴定结果统计,深圳地区市售花胶94份样品中,按来源鱼种区分,基原鱼种(鉴定到属)为尼罗尖吻鲈和尖吻鲈属占比29.79%,其次为苏里南犬牙石首鱼占比15.96%,以及双棘原黄姑鱼/褐毛鲿占比8.5%。按来源鱼种所属的科区分,石首鱼科共计41个,占比43.62%;尖吻鲈科共计28个,占比29.79%;鳕科共计7个,占比7.45%。结论目前我国花胶基原鱼种以石首鱼科为主,外来基原鱼种增多。深圳市售花胶存在真伪混淆现象,DNA条形码技术可用于花胶的来源物种鉴定。     

DNA条形码技术在中药质量评价中的研究进展

DNA条形码技术指利用一段或几段标准DNA序列实现动物、植物和真菌等物种的快速鉴定,是基于分子生物学进行物种分类研究的重要工具。近年,DNA条形码技术在中药鉴定中的应用日益增多,使中药质量评价研究进入一个崭新的时代。本文结合国内外文献,综述了DNA条形码技术在中药材鉴定、中药饮片和中成药质量评价方面的应用,以及DNA条形码技术鉴定物种流程。利用DNA条形码技术进行中药质量评价不受物种形态特征和发育时期的影响,且快速、准确,然而此技术不能从化学成分层面评价中药。将传统评价方法和DNA条形码技术相结合对中药进行全面质量评价,对推进我国中医药现代化的发展具有深远的意义。     

基于微型DNA条形码的多种动物源性成分的鉴定

通过分析51?种动物的DNA条形码序列,新设计一对微型DNA条形码的通用引物,建立一种联合微型DNA条形码和克隆测序法对动物源性多组分样品进行准确、高效鉴定的方法。用微型DNA条形码分别鉴定11?种常见食用肉类,判断其对物种鉴定的准确性,并比较其与标准DNA条形码对物种的鉴定效果,然后将11?种常见商品肉类等比例混合,探究克隆测序法对混合肉样品的鉴定效果。结果表明：引物有较好的通用性,能对具有不同的引物同源性水平的11?个物种进行有效扩增并获单一条带。微型条形码能准确鉴定11?个肉类物种,与常规DNA条形码鉴定效果一致。经克隆测序法,把混合样品的9?个物种一并检出,总体上达到了较高的检出效率,同时深入讨论了未能检出全部物种的原因。微型条形码良好的物种鉴定能力的研究结果为联合微型DNA条形码与二代测序技术进行混合样品中物种的高效鉴定提供参考依据。     

线粒体细胞色素b基因在鱼唇制品物种鉴定中适用性的研究

目的 探讨线粒体细胞色素b基因(Cytochrome b, Cyt b)在鱼唇物种鉴定的适用性,为鲨鱼类物种鉴定增加新的DNA条形码。方法 利用Cyt b作为DNA条形码对从全国31个城市购买252份鱼唇样品进行PCR扩增,测序、利用BLAST功能进行近源种同源基因比较分析,鉴定鱼唇制品鱼种,对鲨鱼物种进行濒危评价分析。结果 成功扩增出250个样品,找到的一致性鲨鱼物种基因序列相似性均在99%以上。涉及8个鲨鱼种,最多样品为大青鲨,占样品65.5%,其余还有镰形真鲨、路氏双髻鲨、锤头双髻鲨、灰鲭鲨、远洋白鳍鲨、沙拉真鲨和黑边鳍真鲨。结论 应用Cyt b作为DNA条形码对鲨鱼种鉴定结果与COI DNA条形码结果一致,在鲨鱼种鉴定时可以使用Cyt b 基因及COI基因联合鉴定条形码,为深加工海产品物种鉴定提供更多的技术支撑。     

COI及cytb基因对河鲀鱼鱼种鉴定的适用性研究

目的建立河鲀鱼DNA条形码鉴定方法,探讨细胞色素氧化酶亚基I(COI)及细胞色素b(cytb)基因对我国常见东方鲀属、兔头鲀属河鲀鱼鱼种鉴定的适用性。方法野捕河鲀鱼经形态学鉴定后,钓取COI及cytb基因序列并测序。从Gen Bank下载已有河鲀鱼参考序列,分别构建COI及cytb基因分子进化树,确定样品种属并与形态学鉴定比对。应用所建方法对中毒样品进行河鲀成分鉴定。结果 COI和cytb基因分子进化树将57份样品聚类到东方鲀属和兔头鲀属的9个鱼种,除棕斑兔头鲀和暗鳍兔头鲀(COI进化树)、暗纹东方鲀和晕环东方鲀(cytb进化树)外,2种条形码均能对其余鱼种进行有效区分。中毒样品经鉴定均含有月兔头鲀。结论所建立的DNA条形码方法可有效鉴定河鲀鱼鱼种,弥补形态学鉴定的缺陷。     

DNA条形码技术在深加工动物制品源性成分鉴定中的应用研究进展

DNA条形码被认为是一种强大、非定向、准确特异、低成本且适用广泛的方法,是分子生物学领域研究物种鉴定的热点技术。其基于DNA分子水平和通用引物扩增的鉴定方式规避了传统鉴别方法的不足,又超脱于许多分子检测方法只能定向检测的局限,现已被广泛应用于生态环境、医疗卫生、食品安全等各个领域。本文介绍了DNA条形码的基本原理、发展进程和研究现状,总结了其在深加工动物制品中的应用情况,包括在动物源性中药材、海产品、肉及肉制品、动物源性保健品以及皮革制品、动物标本等源性成分鉴别方面的应用,最后对DNA条形码技术鉴定物种的优势和不足以及发展趋势作了总结和展望。     

分子生物学方法在鉴定双歧杆菌中的应用

依靠传统生理生化、菌落表观形态等鉴定双歧杆菌,很难区分生化相近的菌株,例如双歧杆菌和婴儿双歧杆菌或者动物双歧杆菌和乳酸双歧杆菌,这给食品风险监测和卫生监督带来严峻的挑战。随着分子生物学方法的成熟,大量分子生物学方法成为了鉴定双歧杆菌种属高效的鉴定方法,这些分子生物学方法包括16S r RNA基因序列、小分子保守序列hsp60、多重PCR、核糖体DNA序列扩增片段限制性内切酶分析(ARDRA)、变性梯度凝胶电泳(DGGE)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)以及能够对样品中双歧杆菌进行鉴别和定量的实时荧光定量PCR技术。本文对分子生物学方法在鉴定双歧杆菌的应用进行了综述。     

基于微量建库测序的毛皮鉴定技术研究

本研究目的是通过微量建库测序的方法,搭建动物物种DNA片段化数据库,建立毛皮动物物种鉴定检测技术体系。本研究选择11个无参考基因的物种,一共21份样品,提取样品的DNA,通过微量建库测序,成功建立了11个物种的DNA片段化数据库,建库成功率100%。测试:随机选择了5个物种共9个测试样品进行方法验证,测试样与所对应的物种聚类吻合率达100%。本研究建立的微量建库测序方法可以用于毛皮的物种鉴定。     

雪蛤基因组DNA提取方法的研究及条形码分子鉴定

高质量的DNA是开展分子生物学研究的基础,雪蛤基质由于含有大量脂肪、蛋白质和多糖,严重干扰其基因组DNA的提取。采用十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法、加酶洗洁精法、十二烷基苯磺酸钠(SDS)法、SDS结合CTAB法提取雪蛤基因组DNA,通过紫外分光光度法、凝胶电泳法及CoⅠ序列扩增法比较了4种提取方法得到的DNA质量。结果显示,加酶洗洁精法、SDS法、SDS结合CTAB法均可提取到雪蛤DNA,其中以SDS结合CTAB法获得的DNA质量最佳。通过与基原物种的DNA条形码进行比对,证明3种方法均可提供符合要求的DNA,为雪蛤的分子生物学研究奠定了基础。     

DNA检测技术在鳕鱼及其制品鉴定中的应用

鳕鱼是经济价值高和营养价值高的重要食用鱼类,但由于市场上鱼类俗名混乱问题,以及不同鱼种之间价值的巨大差异,错误标识鳕鱼产品或以次充好的现象时有发生,有可能因为含有过敏原成分或有毒成分造成食品安全风险。因此,需要快速可靠的鳕鱼成分鉴定方法和来保障市场监管。目前,鳕鱼及其制品的鉴定方法主要为DNA检测技术。本文主要介绍了DNA指纹图谱PCR-RFLP技术、DNA条形码技术、环介导等温扩增技术和实时荧光定量PCR技术的原理、优缺点、在鳕鱼及其制品鉴定中的应用,最后讨论了鳕鱼及其制品鉴定方法的发展趋势和监管建议。     

主要进出口经济鱼类及其制品分子鉴定技术的研究进展

随着我国进出口贸易的不断发展,进出口鱼类品种繁多,数量巨大。但部分国内外企业受高额利润驱使,以假充真、以劣充好事件时有发生,鱼类制品更是真伪难辨,掺假状况极其普遍。通过形态学和生物学方法已经不能满足对鱼类种属鉴定。近年来,随着分子生物技术的迅猛发展,分子检测技术在鱼类品种鉴定领域得到广泛应用。本文针对不同分子鉴定技术进行阐述,包括普通聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术、多重PCR技术、实时定量PCR技术、DNA条形码技术、环介导等温扩增检测技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)、聚合酶链反应-限制性酶切多态性技术(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)以及随机扩增多态性DNA检测技术(random amplified polymorphic DNA),并根据不同检测技术的特点进行分析,为进出口鱼类鉴定提供技术支撑。     

DNA ANALYSIS FOR IDENTIFICATION OF FOOD-ASSOCIATED FOREIGN SUBSTANCES

To identify food‐associated foreign substances, a DNA analysis consisting of 18S rDNA sequencing and homology search analysis has been developed. In this method, we designed universal primer pairs for specific amplification of animal and plant 18S rDNA and constructed an original DNA database storing partial 18S rDNA sequences of 222 organisms commonly used for culinary purposes. In the model experiments, food materials were successfully identified, indicating that our DNA analysis method can be practically applied to the identification of food‐associated foreign substances. It is also expected that this method complements conventional morphological and compositional analysis, leading to more accurate and reliable identification of food‐associated foreign substances.     

一种蚜茧蜂基因组DNA提取方法

为有效获得蚜茧蜂基因组DNA,并保留其虫体做形态鉴定。本文对常规试剂盒提取方法（柱离心法）进行改进,采用穿刺法提取7种蚜茧蜂的基因组DNA,同时以研磨法提取4种常见蚜茧蜂成虫基因组DNA做对照,比较两种方法提取的基因组DNA的纯度和产量,并通过线粒体COI基因序列扩增进行验证。结果表明:穿刺法能从单头蚜茧蜂中提取DNA而不影响形态鉴定。该方法提取的DNA产物产量在29~55 ng/μL,提取物的OD₂₆₀/OD₂₈₀在1.51~1.91,可以稳定地进行线粒体COI基因序列扩增,PCR扩增条带清晰完整。      

DNA条形码技术在石斛分类鉴定中的应用进展

由于石斛属植物种间、种内形态相似, 地域分布范围广泛、杂交种众多, 市场上混乱, 现亟需一种简单、高效的鉴定方法对其进行准确地鉴定。DNA条形码技术利用标准的一个或多个DNA片段对物种进行鉴定, 是近年来生物学研究的热点领域, 也是生物学发展最迅速的方向之一。DNA条形码技术可以从分子水平弥补传统鉴定方法的一些不足。该技术具有良好的通用性, 使得物种鉴定过程更加快速, 已经广泛应用于石斛的鉴定研究中。本文综述了DNA条形码技术及其原理, 同时讨论了基于核基因片段(ITS、ITS2)以及叶绿体基因片段(matK、rbcL、psbA-trnH)在石斛分类鉴定中的应用, 以期为加大石斛分类鉴定的力度和精度, 以及为DNA条形码技术在石斛分类鉴定领域拓展和应用提供一定的理论指导依据。     

Differentiation of Sparidae species by DNA sequence analysis,PCR-SSCP and IEF of sarcoplasmic proteins

The increasing global trade of fishery and aquaculture products makes it necessary to develop methods for species identification in case of fish fillets or other highly processed seafood with external morphological characteristics (e.g. gills, fins) of the original fish being removed.     

Morphological and molecular identification of three geographical populations of the storage pest Liposcelis bostrychophila (Psocoptera)

Traditional morphological identification of three strains of the most widespread and important psocid pest of stored products, Liposcelis bostrychophila (Liposcelididae), was compared with the use of a molecular diagnostic method. The strains were from geographically isolated localities in Europe, Asia, and the United States. Morphological identification was based on the use of distinguishing morphological characters; data were obtained using body size measurements and scanning electron microscope (SEM) micrographs. Molecular identification was based on determining the 16S rDNA sequences and sequence similarities and then phylogenetic analyses of the three geographical populations. Both morphological and molecular methods are able to properly identify the species, but distinctively significant differences between geographical populations of L. bostrychophila were only found using the molecular method.     

Diagnosis of Liposcelis entomophila (Insecta: Psocodea: Liposcelididae) based on morphological characteristics and DNA barcodes

Liposcelis entomophila infests stored grain and is one of the most important psocid species worldwide. Six geographically isolated strains of L. entomophila from Asia, Europe, and United States of America (USA) were compared based on morphological attributes and by molecular methods. Decisive characters of morphological diagnosis were studied using body size measurements and Scanning Electron Microscopy (SEM). Molecular identification of the six strains was performed via identification of DNA sequence similarities and phylogenetic analyses based on a 655-bp fragment from the 5′ end of the standard mitochondrial gene cytochrome c oxidase I (COI) barcode region. The results showed that both morphological and molecular approaches were able to accurately identify this species. Kimura-2-Parameter (K2P) divergence between geographically isolated strains was on average 1.75% for the COI sequence. Phylogenetic analyses revealed that sequences of L. entomophila strains' COI barcodes formed clusters with tight cohesion that were clearly distinct from those of allied species.