PCR-DGGE分析西藏雪莲菌细菌多样性

细菌是雪莲菌中的重要功能菌群,对于雪莲菌的形成及其功能作用的发挥有着重要作用,因而探明其细菌的种群特征具有重大意义。本文采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和16S r DNA测序技术对3个西藏雪莲菌颗粒(A、B和C)中细菌多样性进行了研究。DGGE电泳结果显示,样品的丰度值介于12~16之间,细菌多样性指数在1.79~2.11之间,相似性指数在0.62~0.77之间。通过对DGGE指纹图谱优势条带切胶测序结果显示:它们分别属于马乳酒样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)、乳球菌属(Lactococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir)、气单胞菌属(Aeromonas)和醋酸菌属(Acetobacter)。旨在为雪莲菌微生物资源开发以及加快雪莲菌工业化生产奠定基础。     

传统发酵锦州小菜中主要微生物多样性分析

通过探究锦州小菜的微生物群落组成,以期为改善其品质提供依据。利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳对采集自10份锦州地区传统发酵小菜中的微生物多样性进行研究,结果表明:共鉴定出5种细菌,分别为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、食窦魏斯氏菌(Weissella cibaria)、Lactobacillus fabifermentans、希腊魏斯菌单菌(Weissella hellenica)、假单细胞菌(Psychromonas arctica);真菌菌属有3种,分别为热带假丝酵母(Candiada tropicalis)、弯曲黏膜菌(Campylobacter mucosalis)、白色念珠菌(Candida albicans)。其中,主要细菌为植物乳杆菌、食窦魏斯氏菌,主要真菌为热带假丝酵母。     

基于PCR-DGGE技术的四川麸醋固态发酵过程中微生物群落分析

为了解四川麸醋固态发酵过程中微生物群落变化规律,采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对其固态发酵过程中真菌和细菌的多样性进行分析。结果表明,四川麸醋固态发酵过程中优势真菌主要有酿酒酵母(Sac.cerevisiae)、扣囊复膜孢酵母(Sac.fibuligera)、伊萨酵母(Iss.hanoiensis)、黑曲霉(Asp.niger)、草青霉菌(Pen.oxalicum)以及不可培养真菌(Uncultured fungus);主要细菌有嗜酸乳杆菌(Lac.acidophilus)、葡萄糖醋杆菌(Glu.oboediens)、巴氏醋杆菌(Ace.pasteurianus)、甲醇酸单胞菌(Aci.methanolica)、不可培养细菌(Uncultured bacterium)、不可培养芽孢杆菌(Uncultured Bacillus sp.)和不可培养乳杆菌(Uncultured Lactobacillus sp.)。PCR-DGGE技术可鉴别醋醅中多种不可培养微生物,四川麸醋固态发酵过程优势微生物种类多、丰度高,菌系十分复杂,多种微生物交替生长,但整体群落结构变化不明显。     

PCR-DGGE技术对中华开菲尔微生物菌群的分析

为了解中华开菲尔微生物菌群的结构特征,本论文运用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对开菲尔菌株发酵过程中微生物菌群的结构变化进行了实验分析,结果表明:细菌菌群DGGE图谱上出现有三种不同迁移位置的斑带,而酵母菌群DGGE图谱上只有一条斑带;经过DNA序列的对比分析可知:细菌菌群分别为肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)、马乳样乳杆菌(Lactobacillus kefiranofaciens)和开菲尔乳杆菌(Lactobacillus kefir),它们的序列同源性都达到100%;酵母菌群为德尔布有孢圆酵母(Torulaspora delbrueckii),其序列同源性为99%。本论文首次报道了德尔布有孢圆酵母在开菲尔菌落中的存在。     

基于高通量测序的江西特色发酵豆豉中微生物群落多样性及其特征分析

目的:采用高通量测序技术,研究江西特色发酵豆豉中细菌和真菌等微生物的群落多样性及特征,以了解和提高产品质量和食用安全性。方法:采集江西南昌稻香园调味食品有限公司豆豉样品,经gDNA提取,分别对细菌16S rDNA和真菌ITS区域进行PCR扩增及MiSeq测序,根据统计的测序数据进行物种注释、丰富度聚类及α-多样性分析。结果:高通量测序获得细菌Tag数目36633个,OTU数目114个,经物种注释,主要为蓝细菌门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),以蓝细菌门未分类属(Cyanobacteria Chloroplast Unclassified)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、乳杆菌属(Lactobacillus)为主;真菌Tag数目47117个,OTU数目8个,经物种注释,几乎全为接合菌门横梗霉属(Lichtheimia)。结论:江西豆豉细菌具有丰富的微生物群落多样性和特色的菌群组成结构。     

不同形态外源硒元素对白酒酒醅菌群的影响

探究不同形态硒元素的添加对白酒酒醅微生物菌群的影响。在白酒酿造酒醅中添加外源硒进行发酵,采用高通量测序对发酵完成的酒醅样品解析其真菌和细菌微生物群落特征。结果表明,未添加外源硒、添加有机硒和添加无机硒的三组白酒酒醅样品之间的细菌菌群的α-多样性指数存在显著性差异（P＜0.05）,添加外源硒样品的操作分类单元（OTUs）数目和Shannon指数数值较高,Chao1指数较低,在细菌的β-多样性中,硒的添加增加了变形菌门（Proteobacteria）在群落中的占比,添加无机硒后放线菌门（Actinobacteria）成为酒醅中优势菌门,外源硒的添加提高了白酒酒醅细菌菌群的多样性;真菌菌群的α、β多样性不具有显著性差异（P＞0.05）。研究结果表明,外源硒的添加（5 mg/kg）对白酒酒醅细菌菌群的群落结构有一定影响。     

高通量测序技术分析西藏不同海拔地区曲拉微生物多样性

为探明西藏不同海拔地区的曲拉中微生物群落结构差异,采用高通量测序技术对采自低海拔、中海拔、高海拔3 个组别共40 份牦牛曲拉样品进行测序。结果表明,不同组样品间微生物多样性存在差异。随着海拔高度的增加,曲拉样品中细菌菌群的多样性与丰富度都呈下降趋势,真菌菌群的多样性变化不明显,丰富度呈下降趋势。低海拔组含有细菌可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）2 411 个、中海拔组1 391 个、高海拔组1 197 个,3 组中相同的细菌OTU有715 个;其优势菌属为乳球菌属（Lactococcus）和乳杆菌属（Lactobacillus）,平均相对丰度分别为34.0%和18.4%。低海拔组含有真菌OTU 801 个、中海拔组343 个、高海拔组399 个,3 组中相同的真菌OTU有173 个;其优势菌属为地霉属（Geotrichum）,平均相对丰度为33.8%。本研究揭示了西藏不同海拔地区曲拉中微生物群落结构多样性,为曲拉中特色微生物资源的筛选与利用提供了理论基础。     

酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性分析

该研究应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析酱香型白酒第四轮次酒酿造过程中细菌多样性,并阐明其优势真菌微生物群落结构及其随酿造工艺动态变化。结果表明,在酒曲中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、海洋芽胞杆菌属（Oceanobacillus）;堆积发酵中主要优势菌有芽孢杆菌科（Bacillaceae）、变形菌纲（Proteobacteria）;在窖内发酵中乳杆菌属（Lactobacillus）占绝对优势;窖泥中主要优势菌有放线菌（Actinomyces）和乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）。同一酒厂和不同酒厂新老车间酒曲、堆积、窖内发酵、窖泥之间细菌组成相似度较高,但其优势菌群丰度差异显著。发酵车间使用年限及窖龄影响着酿酒微生物多样性;使用时间长的车间和窖池其环境微生物种群结构更稳定,优势菌群更突出。     

藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物多样性研究

为了探究藏东南产区苹果表皮及根际土壤微生物群落结构组成,利用高通量测序技术对苹果表皮及根际土壤微生物的群落结构与多样性进行研究,并对优势微生物菌属进行关联性分析。结果表明,苹果表皮样品分别获得554个细菌操作分类单元（OTUs）、612个真菌OTUs,根际土壤样品分别获得1 717个细菌OTUs、1 371个真菌OTUs,根际土壤样品细菌和真菌的多样性、丰富度均高于苹果表皮,且同一样品中细菌群落多样性和丰富度高于真菌。在属分类水平上,苹果表皮和根际土壤的主要优势细菌属均为节杆菌属（Arthrobacter）,其相对丰度分别为13.06%和5.53%,外囊菌属（Taphrina）和被孢霉属（Mortierella）分别是苹果表皮和根际土壤样品的主要优势真菌属,其相对丰度分别为41.07%和7.62%。优势细菌属和优势真菌属关联性分析结果表明真菌与细菌间存在显著的互作关系。     

基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

Diversity of lactic acid bacteria in two Flemish artisan raw milk Gouda-type cheeses

PCR-denaturing gradient gel electrophoresis (PCR-DGGE) was used to study the diversity of lactic acid bacteria (LAB) in two Flemish artisan raw milk Gouda-type cheeses. In parallel, conventional culturing was performed. Isolates were identified using (GTG)(5)-PCR and sequence analysis of 16S rRNA and pheS genes. Discriminant analysis revealed some differences in overall LAB diversity between the two batches and between the two cheeses. Within each batch, the diversity of 8- and 12-week-old cheeses was relatively similar. Conventional isolation mainly revealed the presence of Lactobacillus paracasei, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus brevis, Lactobacillus rhamnosus and Pediococcus pentosaceus. PCR-DGGE revealed the presence of three species of which no isolates were recovered, i.e. Enterococcus faecalis, Lactobacillus parabuchneri and Lactobacillus gallinarum. Conversely, not all isolated bacteria were detected by PCR-DGGE. We recommend the integrated use of culture-dependent and -independent approaches to maximally encompass the taxonomic spectrum of LAB occurring in Gouda-type and other cheeses.     

基于16S rDNA高通量测序方法比较新疆西北部地区乳品中微生物的多样性

为更加全面地了解新疆特色乳品中微生物多样性,比较不同动物来源的原奶和酸奶的细菌群落结构,运用高通量测序技术,对乳品中细菌16S r DNA V4-V5区测序,进而对新疆克州和塔城地区牛奶、驼奶、马奶、羊奶、酸牛奶、酸驼奶和酸马奶7种乳品中细菌群落组成和多样性进行分析。研究共获得539 557条有效序列,379个OTU。多样性分析表明,原奶样品中细菌Shannon-Wiener指数明显高于酸奶样品。微生物群落组成分析发现,不同乳品之间菌群组成差异较大。7种乳品中的菌群均以厚壁菌门和变形菌门为主,但原奶样品主要以变形菌门为主,而酸奶样品主要以厚壁菌门为主。在属水平上,牛奶主要以假单胞菌属(Pseudomonas)为主,驼奶主要以埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella),马奶主要以明串珠菌属(Leuconostoc)为主,羊奶中的优势菌属为乳球菌属(Lactococcus),而酸牛奶、酸驼奶和酸马奶都是以乳杆菌属(Lactobacillus)为优势菌属。不同动物来源的原奶和酸奶样品中的微生物多样性存在显著差异,并且原奶中检测到的环境污染菌和致病菌(或条件致病菌)的丰度也相对较高。本研究结果将为准确评估乳品中的微生物群落对新疆地区少数民族健康的影响提供一定的数据基础。     

传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构分析

以采集不同原料制备的黑龙江省传统自然发酵黏豆包面团为研究对象,利用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术研究黏豆包中微生物群落结构及其多样性,结果表明：收集到的6?份黏豆包发酵面团样品中细菌组成主要为食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria）、融合魏斯氏菌（W. confuse）、肠系膜明串珠菌（Leuconostoc mesenteroides）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）和罗氏乳杆菌（Lactobacillus reuteri）,此外还有一些不能培养的细菌。黏豆包发酵面团中含有酵母菌主要为：诞沫假丝酵母（Candida zeylanoides）、卡利比克毕赤酵母（Pichia caribbica）、普兰久浩酵母（Guehomyces pullulans）和一些不能培养的酵母。传统自然发酵黏豆包面团微生物菌群结构与面团原料组成有一定相关,本研究可为改良黏豆包品质,开发专属发酵剂,实现黏豆包工业化、规模化、自动化生产提供理论支持。     

新疆柯尔克孜族传统发酵饮料博扎中微生物群落结构的PCR-DGGE分析

采用PCR-DGGE 技术分析新疆柯尔克孜民族古老传统发酵饮料--博扎(Bozaa)中微生物种群结构,对博扎细菌和酵母菌DGGE 图谱上主要条带的DNA 进行测序和序列分析。结果表明,博扎中细菌组成包括植物乳杆菌(Lactobacterium plantarum)、短乳杆菌(Lactobacillus brevis)、蜡状芽孢杆菌(Bacillus cereus)、巴氏醋酸杆菌(Acetobacerpasteurianus)、啤酒酵母(Saccharomyces cerevisiae),初步成功解析评估了博扎中微生物的多样性。     

浓香型白酒酒醅细菌群落结构及其变化规律

该试验利用PCR-DGGE技术研究了浓香型白酒酒醅细菌群落结构及其发酵过程中的变化规律,结果发现:所有酒醅样品均出现13~23条较清晰的条带,其中第1、2、3、5、6、12、13号条带在所有样品中均有检出,且优势度较高;所有样品生物多样性指数都在2.12~2.80之间,发酵前期,多样性指数总体呈先增加后降低的趋势,发酵第49d时到达最低值,之后多样性指数有所增加,后期保持平稳;相邻发酵时间酒醅细菌DGGE图谱相似性指数较高,为0.58~0.78。     

夏冬两季青稞酒发酵过程中酒醅微生物菌群多样性分析

运用高通量测序技术(high-throughput sequencing)研究夏冬两个季节青稞酒醅发酵过程中的微生物菌群结构和生物多样性。结果显示,在青稞酒醅发酵过程中,夏季酒醅细菌种群多样性要高于冬季,而夏季真菌种群多样性低于冬季;真菌属水平上,夏季微生物组成比冬季更为丰富,在发酵过程中,夏季的青稞酒醅中Pichia、Komagataella占优势,冬季主要有Saccharomycopsis、Saccharomyces、Pichia,且在整个发酵过程中占比均衡;在细菌属水平上,夏季酒醅中的细菌组成较冬季单一,在发酵起始Weissella和Pantoea的数量占优势,随着发酵的进行,从5d开始Lactobacillus逐渐增加并在发酵后期取代其他细菌占主导地位。实验结果表明季节差异对青稞酒醅发酵过程中微生物的组成及群落结构的演替影响显著。     

遂宁榨菜发酵过程中细菌群落多样性和基因功能预测分析

利用Illumina Miseq高通量测序技术解析遂宁榨菜发酵过程中细菌的多样性,并结合功能预测软件PICRUSt分析微生物群落功能。结果表明,不同发酵时间（10个）样品测序共获得495 681条有效序列,318个可操作分类单元（OTU）。门水平上,优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）,其两者相对丰度之和＞93%;属水平上,乳杆菌属（Lactobacillus）成为发酵后期的绝对优势菌属,其相对丰度从0.77%增加至78.63%。PICRUSt软件预测结果显示,遂宁榨菜发酵过程中细菌群落的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包括氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢等。该研究提高了对遂宁榨菜发酵过程中微生物演替模式的了解,为筛选潜在价值的乳酸菌提供数据参考。     

内蒙古科尔沁地区食疗用酸马奶发酵引子化学成分及细菌多样性分析

对内蒙古科尔沁地区食疗用酸马奶发酵引子部分化学指标,包括pH值、糖类、有机酸、游离脂肪酸等进行分析,同时为调查其中细菌多样性,应用Illumina MiSeq第2代测序技术测定其细菌的16S rDNA V3-V4高变区序列,分析物种的丰度、物种分布和Alpha多样性。结果：该酸马奶引子样品pH值为3.54,乳糖、半乳糖质量分数分别为（0.281±0.011）%和（0.100±0.003）%,未检测到葡萄糖;乳酸质量分数为（1.506±0.069）%,丙酸质量分数为（0.053±0.002）%,乙酸质量分数为（0.345±0.014）%,丁酸质量分数为（1.143±0.061）%;共检测到19 种脂肪酸,包括12 种饱和脂肪酸和7 种不饱和脂肪酸;不饱和脂肪酸中α-亚麻酸质量浓度最高,为（14.12±0.36）mg/L;细菌多样性检测结果表明,该样品所获优化序列为（62 082.7±4 868.8）条,可操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）数为34.3±2.3;稀释曲线表明该测序深度充分,OTU数接近于饱和。该酸马奶引子细菌主要分布于以下4 个属：乳杆菌属（Lactobacillus）84.08%、醋杆菌属（Acetobacter）9.83%、乳球菌属（Lactococcus）2.41%、链球菌属（Streptococcus）2.18%;其优势菌属为乳杆菌属。以上结果表明,该酸马奶引子不饱和脂肪酸含量丰富,益生菌占主要地位,食品安全有保障。     

保温发酵鱼露中细菌群落的16S rDNA分子生态分析

本文通过对细菌16S rDNA V₄区进行高通量测序,并结合实时荧光定量PCR 法(FQ-PCR)研究35 ℃发酵条件下鱼露的细菌群落多样性。研究发现发酵初期细菌数量快速下降,到后期数量基本保持稳定。鱼露中细菌群落组成复杂,在测序得到的所有细菌OTUs中共注释出37个门、238个属,但有50%左右的OTUs未能注释到属。发酵8个月后,继续增加发酵时间,鱼露中的细菌组成变化不明显。在门的水平上,在鱼露发酵的各个阶段中细菌主要分布在变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);在属分类的水平上,优势菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、不动菌属(Acinetobacter)等。发酵前2个月,优势菌是嗜冷杆菌属(Psychrobacter,23.39%)、链球菌属(Streptococcus,5.34%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.05%),发酵12个月时,主要优势菌中变形菌门中以链球菌属(Streptococcus,3.62%)、乳杆菌属(Lactobacillus,3.23%)、葡萄球菌属(Staphylococcus,1.20%)为主,而厚壁菌门以不动菌属(Acinetobacter,9.14%)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter,8.77%)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.78%)为主,其中耐盐和嗜盐的乳酸菌主要有乳杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)等。