基于网络药理学分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法分析咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制。方法:通过文献挖掘和数据库检索获取咖啡酰奎宁酸类化合物作用靶点以及与II型糖尿病相关的疾病靶点,绘制咖啡酰奎宁酸类化合物的“成分-疾病-靶点”功效作用网络,对其进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析,并将核心靶点蛋白与关键成分进行分子对接验证。结果:咖啡酰奎宁酸类化合物对应靶点483个,II型糖尿病相关靶点2214个,交集靶点211个,关键靶点37个。咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的作用机制主要涉及细胞外基质降解、基质金属蛋白酶的激活、胶原蛋白降解等多条通路,主要涉及AKT1、MMP3、MMP9、HIF1A、IGF1R、MAPK8等基因,这些基因主要通过调控葡萄糖代谢以及调节相关蛋白质发挥作用。化合物与分子靶点对接结果良好,验证了网络构建预测的准确性。结论:本研究预测了咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的关键靶点与作用机制,为深入开展咖啡酰奎宁酸类化合物治疗II型糖尿病的分子机制研究提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接探讨刺老苞防治骨质疏松症的作用机制。方法:通过色谱-质谱联用得到刺老苞药材的化学成分信息,然后利用Stitch数据库预测其作用的靶点。应用GeneCards等数据库获取与骨质疏松症相关的疾病靶点。通过去异存同得出两者之间的交集靶点,对交集靶点进行基因本体注释（GO）及通路富集分析（KEGG）,分子对接对预测出的核心靶点与关联化合物进行验证。结果:经色谱-质谱联用分析和数据库预测,获得159个活性成分及525个作用靶点,与1636个骨质疏松症相关靶点取交集得到150个交集靶点。通过PPI网络筛选出IL6、AKT1、MAPK1等10个关键靶点。GO分析显示生物功能578个,涉及基因调控、细胞增殖与凋亡、炎症反应等。KEGG分析显示通路127条,PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路等可能为关键通路,乙肝、肺结核、类风湿关节炎、癌症等疾病也可能间接导致骨质疏松症。分子对接表明多数成分与关联靶点具有较好的对接能力,说明预测结果具有一定的可靠性。结论:刺老苞多种有效成分可通过促进成骨细胞的存活、增殖与分化,抑制破骨细胞的骨吸收,发挥对骨质疏松症的防治作用,PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路以及HIF-1信号通路在此过程中可能发挥重要作用,为今后分子机制的深入研究以及相应膳食补充剂的开发提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉治疗帕金森病的作用机制

基于网络药理学及分子对接对肉苁蓉治疗帕金森疾病的作用机制进行研究。利用 TCMSP筛选肉苁蓉中的活性成分作为候选化合物,再利用PubChem和sea数据库获取肉苁蓉的靶点信息。在GeneCard数据库中获取帕金森病靶点信息,通过比对中药和疾病靶点,得到共有靶点基因信息。运用STRING进行靶点蛋白互作（protein-protein interaction,PPI）网络的构建,在DAVID6.8数据库中对关键靶基因进行基因本体（gene ontology,GO）富集和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and geomes,KEGG）通路富集得出治疗靶基因,利用cytoscape软件构建中药-化合物-靶点网络图。并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序,选择前5个关键靶点,最后利用AutoDock Vina工具将5个关键靶点与肉苁蓉有效活性成分进行分子对接。结果表明:从肉苁蓉中共筛选得到6个有效活性成分,分别为β-谷甾醇、花生四烯酸、脱水内酯、丁香树脂二甲醚、槲皮素、枫马京。交集获得308个预测靶点,将其进行PPI分析,并从中筛选出38个关键靶基因,对关键靶基因进行GO与KEGG通路富集。最终发现,GO富集中生物过程（biologica process,BP）包括细胞内信号转导等;细胞成分（cellular component,CC）分析主要为蛋白质复合物、线粒体等;分子功能（molecular function,MF）结果主要为腺嘌呤核苷三磷酸结合、蛋白质复合物结合等。KEGG通路富集主要包括磷脂酰肌醇-3-激酶（phosphatidylin-ositol-3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B（Protein Kinase B,PKB/AKT）、微型核醣核酸（microRNAs,miRNAs）、缺氧诱导因子-1（hypoxia inducible factor-1,HIF-1）、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF）、叉形头转录因子O亚型（forkhead box O,FOXO）等相关信号通路。筛选前5个关键靶点分别为MAPK8、ESR1、SRC、JAK2、AKT1。分子对接结果显示肉苁蓉6个有效活性成分与5个关键靶点具有较好的结合活性,结合能均小于?5 kcal/mol。本研究得出肉苁蓉通过保护线粒体功能、调节蛋白质活动、调节自噬、抑制神经炎症反应等治疗帕金森病,发挥多成分、多通路、多靶点协同作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨绞股蓝防治肥胖的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术揭示绞股蓝防治肥胖的物质基础及潜在作用机制。方法:使用TCMSP数据库结合文献补充筛选绞股蓝活性成分;使用Pubchem、Swiss target prediction数据库收集绞股蓝活性成分作用靶点;使用GeneCards、OMIM、DurgBank数据库获取肥胖疾病靶点。取绞股蓝作用靶点与疾病靶点交集为绞股蓝防治肥胖作用靶点,并使用Cytoscape3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络;使用STRING数据库构建靶蛋白互作PPI网络筛选核心靶点,Discovery Studio 3.5对筛选出的核心靶点与活性成分分子对接,DAVID数据库对交集靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析,通过上述结果构建成分-靶点-通路相互作用网络模型。结果:共筛选出槲皮素、3-甲基鼠李素、人参皂苷f2、绞股蓝皂苷XXVIII等16个化合物为绞股蓝防治肥胖物质基础,107个绞股蓝治疗肥胖靶点,其中包括STAT3、AKT1、VEGFA、SRC、EGFR、MAPK3等38个关键靶点;分子对接结果显示,PPI中度值前6位核心靶点与相对应化合物3-甲基柔二醇、3-甲基鼠李素、黄夹次甙丙、a-菠菜甾醇、胆甾醇、槲皮素、人参皂苷f2、绞股蓝皂苷XXVIII有较好的结合活性,推测这些化合物可能为主要药效成分;GO分析得绞股蓝防治肥胖主要涉及细胞生长增殖过程、代谢过程等生物过程,酶结合、蛋白结合等分子功能,细胞核、细胞质等细胞组成。KEGG通路富集结果显示,绞股蓝防治肥胖通路涉及癌症信号通路、癌症中的蛋白多糖通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路等。结论:本研究初步揭示了绞股蓝可通过多成分、多靶点、多通路影响机体脂肪细胞增殖分化、糖脂代谢及维持机体稳态等多方面实现肥胖防治作用,为进一步研究其有效成分及分子机制提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探究黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病的作用机制

本文利用网络药理学和分子对接技术探索黄芪-女贞子治疗免疫缺陷病（IDD）的作用机制。综合利用TCMSP、Swiss Tagert Prediction和Genecards等在线数据库搜集黄芪-女贞子化学成分及治疗IDD靶点,构建黄芪-女贞子治疗IDD的“化合物-靶点-疾病”和蛋白互作网络;基于DAVID数据库及ClueGo插件进行潜在靶点的基因本体（GO）注释及KEGG通路富集分析;采用Vina软件对活性成分与潜在靶点进行分子对接验证结合活性。网络分析获得黄芪-女贞子治疗IDD的31个活性成分和81个靶点;GO功能富集分析表明黄芪-女贞子治疗IDD可能涉及MAP激酶活性的正向调节等152条生物过程和α-β T细胞活化等23个免疫系统过程,KEGG通路结果显示参与癌症途径、前列腺癌等91条KEGG通路;分子对接结果显示山奈酚等成分与MAPK1等蛋白结合稳定。黄芪-女贞子通过多种活性成分协同作用于不同靶点、多种途径发挥辅助治疗IDD的作用,可为开发成对应的膳食补充剂提供参考。     

基于Meta分析桥接网络药理学小青龙汤治疗AECOPD疗效及作用机制

基于Meta分析和网络药理学,综合评价小青龙汤联合常规西医治疗慢阻肺急性加重期（AECOPD）的疗效,初步探讨其潜在作用机制。通过检索中国知网（CNKI）、万方（Wangfang）、维普（VIP）、PubMed、Cochrane Library、Web of Science等数据库,收集小青龙汤联合常规西医治疗AECOPD的随机对照试验,根据纳入和排除标准对所有文献进行筛选,采用RevMan 5.4 软件进行Meta分析;随后通过TCMSP数据库检索筛选小青龙汤活性成分及其对应靶点,绘制小青龙汤–化合物–靶基因网络,筛选关键化合物,在TTD数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库检索与COPD有关的靶点基因,然后利用Excel筛选化学成分靶点与疾病靶点的交集靶点,绘制韦恩图,将交集靶点导入String数据库构建PPI网络,将小青龙汤活性成分靶点与COPD共同靶点导入David 6.8数据库进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析,取前20条KEGG通路绘制潜在靶点–通路网络图。利用生物信息学技术进行分析,初步探讨其作用机制。Meta分析共纳入文献 34 篇,2 948例患者,结果显示小青龙汤联合常规西医治疗在总有效率、肺功能、动脉血气分析、中医症候总积分与中医症状体征评分、主要症状缓解时间、炎症因子水平等指标上均优于单用常规西医治疗。网络药理学共得到157种成分、150个共有靶点与130条相关通路,主要涉及HIF-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等,涉及到氧化反应、炎症反应等主要生物过程。得出小青龙汤联合常规西医治疗在临床疗效上优于单用常规西医治疗方案,其潜在作用机制可能是通过抗炎、抗氧化应激过程来达到治疗AECOPD的目的。     

基于网络药理学分析红芪免疫调节的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨红芪药理作用的物质基础和作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索红芪的化学成分和相关作用靶点。进而采用Cytoscape3.6.1、STRING11.0软件构建化合物-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络、运用DAVID6.7在线数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)生物通路富集分析,研究红芪的作用机制。结果:通过筛选得出20 个化合物和225 个相关靶点。PPI网络包含36 个靶点,关键靶点有NOS3、ESR1、HSP90AA1等。基因本体条目27 个,其中生物过程相关条目22 个,分子功能相关条目3 个,细胞组成相关条目2 个。京都基因与基因组百科全书通路8 条,涉及钙离子信号通路、孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路、癌症信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、前列腺癌信号通路、卵母细胞减数分裂信号通路、血管平滑肌收缩信号通路和细胞周期信号通路。结论:本研究初步阐明了红芪药理作用的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨桑枝改善高尿酸血症的作用机制

目的:探讨桑枝（mulberry twig）治疗高尿酸血症（HUA）的可能作用靶点及机制。方法:于TCMSP、Batman-TCM、PubMed、CNKI等数据库进行检索,获取桑枝组分群,借助SwissTargetPrediction及PharmMapper等平台获取桑枝成分靶点;并利用GeneCards和OMIM在线平台收集整理HUA相关靶点;将HUA靶点与桑枝组分靶点取交集,得到共有靶点;利用STRING官方平台和Cytoscape软件获取蛋白互作网络图,并借助后者获取“化合物-靶点-通路”网络作用图;采取DAVID平台展开GO和KEGG富集分析;借助分子对接（Molecular docking）手段对分析结果加以验证。结果:筛选出桑枝潜在活性组分45个,组分靶点620个,HUA相关靶点1277个,共有靶点128个,经网络拓扑分析,得到VEGFA、SRC、PIK3CA、MAPK1、IL6、TNF等13个核心靶点以及木犀草素、槲皮素、环桑色烯、桑辛素M、桑色素、山奈酚、异鼠李素等10个活性组分。GO富集分析条目共获取295条（P<0.01）,其中,生物过程（BP）共212个,主要包括细胞增殖正相调控、凋亡过程负相调控等;细胞组成（CC）共31个,靶点主要存在于质膜及细胞质等;分子功能（MF）共52个,主要涉及蛋白质结合、ATP结合等;KEGG富集共获取信号通路78条（P<0.01）,主要包括Cancer、TNF、TRP、Toll-like receptor等信号通路。分子对接结果表明潜在活性组分与核心靶点结合优良。结论:本研究初步表明桑枝治疗HUA作用具有多组分、多靶点、多信号通路的特点,为后期深入研究桑枝潜在活性组分治疗HUA的分子机制奠定科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术研究乌梅改善消化不良的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接法,研究乌梅改善消化不良的分子作用机制。方法 利用TCMSP数据库挖掘乌梅潜在活性成分,通过Sea和STP数据库预测相关作用靶点;通过DisGeNET、OMIM和GeneCards 数据库筛选消化不良的相关疾病靶点;通过Venny在线平台映射筛选成分与疾病的交集靶点,使用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作分析,通过cytoscape分析连通度、节点紧密度和介数筛选关键靶点,并利用DisGeNET数据库分析靶点类型;使用Auto dock相关软件对关键靶点与对应成分进行分子对接;采用DAVID数据库对乌梅改善消化不良的潜在作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果 筛选出乌梅11个潜在活性成分及其182个作用靶点,与消化不良相关的789个疾病靶点取交集,得到50个潜在作用靶点,包含SRC, EGFR, AKT1, PIK3R1等关键靶点;GO富集分析显示与生物过程相关的条目145个,与分子功能有关的条目51个,与细胞组分相关的条目有22个;KEGG通路分析显示与75条通路相关,涉及癌症中的蛋白多糖、催乳素信号通路、癌症通路、雌激素信号通路、PI3K-Akt 信号通路、Rap1 信号通路等信号通路;分子对接结果显示活性成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 乌梅改善消化不良作用具有多成分、多靶点、多通路的特点,可为其应用研究提供科学依据和参考。     

基于网络药理学与动物实验探究肉苁蓉总苷对炎症性肠病的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究，探讨肉苁蓉总苷对炎症性肠病（IBD）的潜在作用机制。方法：应用Pubchem数据库及文献收集肉苁蓉总苷中7种主要活性成分的三维结构。通过PharmMapper,UniProt,GeneCards等数据库获取活性成分相关靶点与IBD相关的基因靶点信息。再将肉苁蓉活性成分靶点和IBD的靶点绘制韦恩图，得到交集靶点，并将交集靶点上传到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）筛选分析。使用DAVID数据库将肉苁蓉总苷活性成分对IBD发挥保护作用的靶点进行基因本体（GO）功能富集、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，采用Cytoscape3.8.0软件构建“活性成分-靶点-通路网络”，预测肉苁蓉总苷治疗IBD的作用靶点与途径，并构建IBD小鼠模型进一步验证。结果：肉苁蓉总苷活性成分对IBD具有防护作用的靶点有254个，PPI分析筛选出核心靶点30个。GO功能富集和KEGG通路富集发现肉苁蓉总苷可能主要通过调控癌症通路、mTOR通路、TGF-β通路、JAK-STAT通路、AMPK通路等，进而影响细胞信号传导、增殖、分化、凋亡来发挥作用...     

基于网络药理学和分子对接探讨常见酚酸提高机体免疫力的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接研究常见酚酸类化合物提高机体免疫力的分子机制。方法：利用TCMSP数据库、STITCH数据库、SwissTargetPrediction在线靶点筛选平台收集常见酚酸类化合物潜在靶点，并利用Cytoscape3.8.0软件构建酚酸类化合物-靶点网络图。在GeneCard数据库、OMIM数据库收集免疫力相关靶点，与常见酚酸类化合物靶点取交集并导入STRING数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析，得到酚酸类化合物提高免疫力的核心作用靶点，将核心靶点导入DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路富集。最后，应用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果：共收集到常见酚酸类化合物36个，对应靶点496个，提高免疫力靶点16691个，二者取交集，获得酚酸类化合物增强免疫作用靶点454个，其中关键作用的靶点为SRC、MAPK1、HSP90AA1、AKT1、TP53等，发挥作用的主要成分为迷迭香酸、迷迭香酸甲酯、鞣花酸、阿魏酸乙酯、芥子酸等。GO及KEGG分析结果显示，常见酚酸类化合...     

基于网络药理学探讨预知子抗抑郁的作用机制

目的:运用网络药理学的方法揭示预知子抗抑郁的作用机制。方法:采用TCMSP、PharmMapper、Swiss TargetPrediction和GeneCards数据库挖掘预知子的活性成分及其抗抑郁的作用靶点,采用String数据库获取蛋白-蛋白相互作用关系,运用Cytoscape软件构建预知子的成分-作用靶点和PPI网络,利用DAVID数据库对关键靶点的GO和KEGG信号通路进行富集分析。最后,采用AutoDockTools-1.5.6 软件进行分子对接验证。结果:筛选得到预知子的木通苯乙醇B、豆甾醇葡萄糖苷、齐墩果酸等6个核心活性成分,EGFR、MAPK1/8、SRC、HSP90AA1、AR等8个重要抗抑郁靶点。参与调控的16条抑郁相关的信号通路包括催乳素信号通路（Prolactin signaling pathway）、ErbB信号通路（ErbB signaling pathway）、GnRH信号通路（GnRH signaling pathway）、黏着斑（Focal adhesion）等。分子对接结果显示预知子核心活性成分与靶点具有较好的结合活性。结论:预知子抗抑郁的作用机制可通过多成分-多靶点-多通路的综合作用而实现。     

基于网络药理学与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用的分子机制

目的:本文基于网络药理学技术与分子对接和实验验证探讨费菜抗炎作用机制。方法:利用TCMSP、HERB等数据库,以口服生物利用度≥30%为筛选条件,得到费菜药效成分及其潜在靶点。利用GeneCards、OMIM等数据库查找炎症相关靶点,通过STRING数据库和Cytoscape3.8.0软件绘制PPI蛋白互作图,分析费菜中抗炎的关键药效成分和潜在作用靶点。利用David数据库对潜在作用靶点进行GO富集和KEGG信号通路富集,并进行可视化分析。应用AutoDock软件将药效成分与核心靶点进行分子对接,并进行可视化分析。利用高效液相色谱法分析药效成分。采用LPS诱导的RAW264.7细胞炎症模型,验证药效成分的抗炎作用。结果:筛选得到5个药效成分及相关靶点130个,抗炎靶点421个,两者取交集后获得费菜潜在抗炎靶点22个,其中关键靶点有PPARG、EGFR、TP53等,发挥关键作用的主要成分为β-谷甾醇和没食子酸。GO及KEGG富集分析结果表明,β-谷甾醇和没食子酸主要通过调控聚合酶II启动子的转录正调控、神经元凋亡过程的正调控和脂多糖反应等生物过程,通过癌症通路、乙型肝炎、TNF信号通路、MAPK信号通路等信号通路发挥抗炎作用。分子对接结果显示抗炎药效成分均与靶点蛋白分子对接结果良好。高效液相色谱法证明费菜中含有药效成分β-谷甾醇和没食子酸。实验验证结果表明,β-谷甾醇和没食子酸可显著降低促炎因子NO含量,提高抗炎因子IL-10含量（P<0.05）,发挥抗炎作用。结论:本研究揭示了费菜通过调控多靶点、多途径发挥抗炎作用,为费菜的研究和应用奠定了基础。