酿造大麦品种及纯度的鉴定

在酿造工业中,大麦的品种对于啤酒质量有着极其重要的影响,目前我国每年需进口大量的大麦,而对其品种和纯度却没有行之有效的方法来进行鉴别。国外已对此进行了大量的研究,建立了多种准确的鉴别方法。其中以基因组分析法和蛋白质电泳法最为可行,它们都具有感官鉴别所没有的准确性和可信性,是将来大麦品种鉴定的首选方法。     

巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组微卫星分布特征分析

对已公布在NCBI数据库中的巨魾(Bagarius yarrelli)全基因组测序结果,使用MISA软件对巨魾全基因组中的微卫星进行筛选并分析其数量与分布特征. 在巨魾基因组570 806 968 bp序列中,共筛选出360 235个完整型微卫星,其长度为6 998 449 bp,占基因序列总长度的1.23%. 在6种完整型微卫星中,微卫星数量最多的是单碱基类型,约占总数的44.65%,其余碱基类型数量排序为二碱基(43.29%)、三碱基(6.12%)、四碱基(4.80%)、五碱基(1.02%)和六碱基(0.11%). 基因组中数量最多的前10种微卫星类别分别为:A、AC、AG、AT、AAT、C、ATAG、AAAT、ACT和ATC.     

花斑无须鲶(Ageneiosus marmoratus)全基因组微卫星分布特征研究

根据NCBI已公布的花斑无须鲶全基因组序列,利用MISA软件对花斑无须鲶全基因组的6种完整型微卫星进行筛选并分析其分布特征. 结果如下:在花斑无须鲶全基因组(约1.03Gb)中符合条件的微卫星序列共336 037个,丰度为326个/Mb. 微卫星总长度为7 720 686 bp,占花斑无须鲶全基因组的0.75%. 其中二碱基类型的微卫星数目最多,为145 318个,占微卫星总数的43.24%,其次分别为单碱基(37.12%)、三碱基(11.00%)、四碱基(7.39%)、五碱基(1.04%)和六碱基(0.21%). 花斑无须鲶全基因组微卫星中的优势碱基类别按照数量从高到低排列依次为A、AC、AG、AT、AAT、AAAT、TATC、AAG、AAC和TGA,共有305 243个,占微卫星总数的 90.84%,A、T碱基在微卫星中占绝对优势.     

口蹄疫病毒WFL株2C-P3-3′NCR片段的克隆及适于设计siRNA的序列分析

目的筛选出口蹄疫病毒(FMDV)基因组上适于设计siRNA的基因片段。方法以FMDV WFL株RNA为模板,用3′RACE法扩增出2C-P3-3′NCR序列,将PCR扩增片段克隆到pMD18-T载体上,转化E.coli DH5α,筛选阳性重组子,进行序列测定,并与参考毒株序列比较。结果扩增的基因片段大小为4033bp,其2C、P3和3′NCR序列的核苷酸序列与参考毒株的同源性分别为87·11%～94·23%、84·91%～96·66%和66·98%～82·35%,2C和P3与参考毒株的氨基酸同源性分别为94·97%～99·39%和91·84%～98·55%,WFL株P3基因的第1150～1270、1680～1840和2080～2490bp以及2C基因的第354～470bp范围内与参考毒株具有高度保守的特性。因此,可以依据siRNA设计原则,在这4个区域内筛选抑制效果好的siRNA。结论成功克隆了FMDV WFL株2C-P3-3′NCR基因的序列,并筛选出4个适于设计siRNA的基因区段。     

Real-time PCR检测核酸疫苗中宿主基因组残留DNA

目的建立Real-time PCR方法,用于定量检测核酸疫苗中宿主基因组的残留DNA。方法以Lightcycler平台为基础,选择大肠杆菌23S核糖体RNA基因为靶标基因设计扩增引物,建立基于SYBR GreenⅠ荧光染料的Real-time PCR检测方法,并用于核酸疫苗纯化过程中间产物的检测。结果整个检测过程可在30min内完成,特异性强,检测灵敏度可达10fg/μl,其标准曲线的相关系数为-0.99。结论该方法可用于核酸疫苗中宿主基因组残留DNA的检测。     

污染物的生物催化降解研究进展

在生物催化和生物降解中微生物反应起了关键的作用。近来，与环境有关的细茵的基因组测序揭示了以前未被怀疑过的代谢潜能可以被开发利用。与细菌的生物降解能力相协调，细菌对污染物的趋化性可能归因于细茵与环境中其他生物体竞争能力以及有效修复能力。除了对有机污染物的生物矿化作用，某些细菌还能固定被污染蓄水层中的有毒重金属，从而进一步阐明了微生物转化污染物的潜能。     

枯草芽孢杆菌整合载体的构建及基因组的改造

构建了两种整合载体,分别为单交换整合载体pACC-BdbDC和双交换整合载体pDsbE,pDGC,转化野生型枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis168,目的基因整合到基因组上,同时引入氯霉素抗性基因。利用FLP/frt重组系统将氯霉素抗性基因敲除,便于宿主菌的进一步改造。PCR结果表明共重新构建了6种宿主菌。复杂双交换整合载体pDGC成功将3个目的基因整合到基因组上,为多个基因同时整合提供了一种方便可行的方法。     

Expression of green fluoscrescent protein gene in Sclerotinia sclerotiorum

Protoplasts of the pathogenic plant fungus,Sclerotinia sclerotiorum,were transformed using the pPGF plasmid,which contains green fluorescent protein gene,under the control of Aspergillus nidulans regulatory sequences. The pPGF plasmid was introduced by PEG/CaCl2 treatment. Positive transformants were harvested with hygromycin B (HYG) resistance as selective marker,and then were observed with green fluorescence phenomena in response to blue light,which suggested that GFP gene was cloned into genome DNA of S. sclerotiorum. The transformants were verified mitotically stable by Southern blotting analysis and passage culturing. This study is developed as an initial step for further research into infection mechanisms of S. sclerotiorum to plants and interactions with bio-control fungus.     

应用基因组重排技术提高普那霉素产量

将普那霉素产生菌——始旋链霉菌ND-23的孢子和原生质体经紫外线诱变后获得高产突变菌株,其中高产突变株SP-S73的产量达到356 mg/L,比出发菌株提高了31%.在上述增产突变株中选取4株作为基因组重排的出发亲本,对它们进行了4轮基因组重排育种,筛选得到了高产重排菌株,其中1株重排菌株G-211的普那霉素产量为832 mg/L,比产量最高的亲本菌株提高了134%,比原始出发菌株ND-23(272 mg/L)提高了206%.通过研究高产菌株和出发菌株ND-23在5 L罐上的发酵过程,发现普那霉素产生菌的生物合成属于非生长耦合型;其高产菌株G-211在合成产物的时期对还原糖和氨基氮的消耗量均大于原始菌株ND-23,这些结果将为高产菌株发酵条件优化和发酵放大研究提供有价值的参考.