海南黎族鱼茶中微生物多样性分析

以采集自海南保亭与白沙两地区的黎族家庭的28份样本为研究对象,采用传统分离培养方法,16S r RNA基因序列分析和实时定量聚合酶链式反应分析对样品中的微生物进行分离鉴定和多样性研究。结果表明,共鉴定出6个属,22个种,其中Lactobacillus属占总数的68.56%,Bacillus属和Enterococcus属则分别占18.04%和10.82%,又测得Lactobacillus属基因拷贝数为2.24×10~7,Bacillus属为1.72×10~5以及Enterococcus属为1.07×10~6。可知,Lactobacillus属是鱼茶中的主要优势菌属,Lactobacillus plantarum和Lactobacillus pentosus是鱼茶中的优势菌种。而不同地区鱼茶中微生物多样性也存在差异,以Lactobacillus属为例,保亭地区独有Lactobacillus rossiae,而白沙地区独有Lactobacillus coryniformis、Lactobacillus fermentum、Lactobacillus namurensis、Lactobacillus senioris。研究结果揭示了海南黎族鱼茶中微生物的丰富多样性,反映了微生物群落结构特点,为有益微生物资源的开发利用提供参考依据。     

埃塞俄比亚发酵食品中乳酸菌的分离鉴定

采用传统纯培养方法对采集自非洲埃塞俄比亚地区的蜂蜜酒,咖啡,面引子等4份发酵食品中的乳酸菌进行分离纯化,运用16S rDNA序列分析和系统发育进化关系研究方法进行种属鉴定。结果表明,经16S rRNA基因序列分析,共分离到55株乳酸菌,分属于3个属,11个种或亚种,包括乳杆菌属(Lactobacillus)51株,肠球菌属(Enterococcus)3株,链球菌属(Streptococcus)1株,其中Lactobacillus paracasei为埃塞俄比亚地区蜂蜜酒中的优势菌株,占该样品总分离株的75%,Lactobacillus pontis为该地区面引子中的优势菌种,占该样品总分离株的41%。     

高通量测序技术分析酱香型白酒下造沙轮次的微生物多样性

下沙、造沙是酱香型白酒的基础轮次,为探究酱香型白酒下沙、造沙轮次发酵过程中微生物群落结构的变化、微生物多样性与样品之间的关系,本研究采用了高通量测序对酒醅中细菌、真菌多样性进行了全面解析。结果表明,下沙、造沙分别检测到细菌203个属和184个属,真菌160个属和109个属。下沙、造沙期间细菌优势菌属均为乳酸菌,堆积发酵结束,Weissella paramesenteroides、Pediococcus acidilactici、Lactobacillus panis占比可达80%以上,窖内7 d时的菌群结构发生较大变化,至窖内发酵结束,Lactobacillus panis、Lactobacillus sp.、Lactobacillus acetotolerans占比可达90%以上;下沙、造沙期间的真菌优势菌属均为酵母菌,下沙堆积到入窖,Pichia kudriavzevii均占绝对优势,占比在90%左右,造沙窖内发酵时,Saccharomyce scerevisiae大量繁殖,至窖内发酵结束达到22.32%,Pichia kudriavzevii占比仍达48.78%。该研究结果揭示,酱香型白酒下沙、造沙发酵过程中微生物的多样性,确定了下沙、造沙的主要微生物种类,反映了不同阶段微生物群落特点,为深入研究酿造机理提供参考依据。     

重庆东部地区鲊广椒乳酸菌分离鉴定及细菌菌群多样性分析

为明确重庆东部地区鲊广椒中乳酸菌多样性和细菌群落多样性，该研究以采集自重庆东部5个地区的鲊广椒为研究对象，采用微生物纯培养技术对其蕴含的乳酸菌菌株进行分离鉴定，并进一步采用Illumina Mi Seq高通量测序技术对其细菌菌群多样性进行了解析。结果表明，采用纯培技术共从鲊广椒样品中分离得到122株乳酸菌，鉴定为同一个门5个属下的22个种，其中戊糖乳杆菌（Lactobacillus pentosus）、消化乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）为鲊广椒中的优势细菌，分别占乳酸菌总分离株的26.23%、20.49%和18.85%。高通量测序结果表明重庆东部地区鲊广椒样品以厚壁菌门（Firmicute）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）为主，且在属水平上平均相对丰度大于1.0%的细菌属有7个，包括乳酸杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、魏斯氏菌属（Weissella）、乳球菌属（Lactococcus）、棒状杆菌属（...     

两个不同发酵时期豆瓣中微生物多样性的差异对比

为了探明传统自然发酵豆瓣不同时期微生物的多样性的差异对豆瓣风味品质的影响,采用纯培养的分离方法,对发酵中期（5个月）时期和成熟期（10个月）豆瓣进行了细菌16SrRNA和真菌18SrRNA的基因分析。结果表明,这两个时期豆瓣中的微生物种类丰富,且差异很大。从发酵五个月的豆瓣中分离得到7个属（Bacillus、Oceanobacillus、Virgibacillus、Lactobacillus、Pichia、Candida、Wickerhamomyces）,优势菌为Bacillus、Candida、Wickerhamomyces属,分别占54%、11%、14%。成熟期中分离得到8个属（Bacillus、Halomonas、Oceanobacillus、Virgibacillus、Lactobacillus、Gracilibacillus、Pichia、Aspergillus属）,优势菌为Bacillus、Oceanobacillus、Halo-mona属,分别占55%、16%、10%。     

中国泡菜乳酸菌群落结构动态变化研究进展

论文综述了泡菜乳酸菌的微生物群落变化、微生物多样性以及环境因子与泡菜微生物之间的关系。大量研究表明,泡菜发酵过程中乳酸菌、酵母菌和肠杆菌数量动态变化,乳酸菌是绝对的优势菌,主导了泡菜发酵;现有报道的乳酸菌包括10余个属100多个种,报道最多的是Lactobacillus属,且大部分情况下认为该属中Lactobacillus plantarum和Lactobacillus pentosus是分离最多的或者优势菌。内在和外在的环境因素包括温度、盐度、工艺和原料品种等是影响泡菜乳酸菌群落结构的重要因素,其中温度、盐度影响最大。     

腌菜中细菌多样性研究及乳酸菌分离鉴定

以恩施地区采集的腌菜为研究对象,采用高通量测序技术（HTS）与变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术相结合的方法对其中所 含细菌和乳酸菌多样性进行研究,并采用平板稀释涂布法对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,腌菜样品中含量最高的优势细菌门 为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达97.09%。优势细菌属为Lactobacillus、Weissella、Leuconostoc、Vibrio、Pseudomonas、 Psychrobacter和Flavobacterium,其中Lactobacillus的平均相对含量高达82.37%;通过变性梯度凝胶电泳技术从样品中检测出的乳酸 菌 有 Lactobacillus sakei、Lactobacillus insicii、Lactobacillus plantarum subsp. argentoratensis、Lactobacillus plantarum subsp. plantarum 和 Lactobacillus acetotolerans;分离鉴定及保藏的乳酸菌中有L. plantarum 7株,L. alimentarius 2株,L. curvatus和L. brevis各1株以及L. sakei 4株。 由此可见,虽然Lactobacillus为腌菜样品中的优势菌,但乳酸杆菌的构成在样品间存在一定的差异。     

山羊乳饼中乳酸菌的多样性研究

云南省西北部的剑川县传统上有加工羊乳饼的历史,其产品工艺独特,选用的凝乳剂为发酵酸乳清和贯筋藤浸泡液,乳饼中的乳酸菌资源值得探索。对采自剑川县3个镇的12份羊乳饼样品采用传统培养方法结合16S rRNA基因序列进行鉴定,并绘制乳酸菌系统发育树,探索进化途径和亲缘关系。乳饼中乳酸菌活菌数均大于6.0×107g-1,共鉴定42株乳酸菌,分为6个属,12个种和2个亚种,其中34株杆菌分离株归属2个不同属中的8个种,8株球菌分离株归属4个不同属中的6个种,Lactobacillus plantarum和Lactobacillus fermentum是优势菌株,分别占总分离株的30.95%和21.43%。研究结果有利于乳酸菌资源开发利用。     

秭归地区鲊广椒中乳酸菌及细菌多样性研究

该研究在采用纯培养方式对秭归地区鲊广椒中乳酸菌进行分离鉴定的基础上，进一步采用MiSeq高通量测序技术对其细菌多样性进行解析。结果表明，从14个鲊广椒中分离出的43株疑似乳酸菌被鉴定为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和屎肠球菌属（Enterococcus），鉴定到的种主要有植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、敏捷乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和屎肠球菌（Enterococcus faecium），占所有分离株的86.05%，其中L. plantarum占所有分离株的60.74%，为优势菌种。测序结果显示，鲊广椒中主要的细菌类群为隶属于硬壁菌门（Firmicutes）的Lactobacillus和戊糖片球菌属（Pediococcus）以及隶属于变形菌门（Proteobacteria）的假单胞菌属（Pseudomonas），其平均相对含量分别为47.85%、13.29%和21.31%，其中乳酸菌含量累计达61.14%。由此可见，秭归地区鲊广椒中蕴含了较为丰富的乳酸菌资源，但同时也存在Pseudomonas等具有致病性的菌属。     

恩施市3种泡辣椒样品中细菌多样性研究

以恩施市3种泡辣椒为研究对象,使用MiSeq高通量测序技术与聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术相结合的手段对样品中细菌群落的结构进行解析,并采用传统微生物培养方法及分子生物学技术对其中的乳酸菌进行分离和鉴定。结果表明,硬壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为泡辣椒中的优势细菌门,其平均相对含量分别为85.70%、12.59%;乳酸杆菌属(Lactobacillus)为优势细菌属,其平均相对含量达67.37%。通过传统微生物培养方法共分离鉴定出14株乳酸菌,其中7株为植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum),2株为发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum),3株为屎肠球菌(Enterococcus faecium),2株为香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)。结果表明,泡辣椒中的优势乳酸菌为植物乳杆菌。     

信阳黑猪腊肉的微生物多样性分析及优势菌分离鉴定

为全面解析信阳光山自然发酵黑猪腊肉中的微生物菌落结构组成,采用Illumina MiSeq高通量测序和传统选择性培养基分离筛选相结合的方法,分析腊肉中的细菌多样性和真菌多样性并对分离优势细菌和真菌进行16SrDNA和26S rDNA鉴定。结果显示,信阳腊肉优势细菌中厚壁菌门( Firmicutes) 和变形菌门( Proteobacteria)相对丰度占比均值之和达到99.67%,为绝对优势细菌门;优势真菌为酵母,其菌落总数为4.65 lg(cfu/g)低于细菌2个数量级。在属水平上,相对丰度占比前5的优势细菌依次为乳球菌属(Lactococcus)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、乳杆菌属(Lactobacillus)、肉食杆菌属(Carnobacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)。并从腊肉中分离鉴定得到6株优势细菌和2株优势酵母分别为格式乳球菌,清酒乳杆菌,马胃葡萄球菌,广布肉毒杆菌,溶酪巨球菌,孤独四联球菌,胶红酵母和隐球酵母各1株,从而为后续进一步研究优势菌种在发酵过程中的具体作用和演替变化提供了可能,并为发酵肉行业的标准化生产提供理论依据和技术支撑。     

冷却羊肉中腐败菌的分离、初步鉴定与初始菌相分析

采用选择性培养基从冷却羊肉中分离和初步鉴定出乳杆菌2株、热死环丝菌2株、假单胞菌属和肠杆菌科各3株,葡萄球菌属和酵母菌各1株。假单胞菌属、乳酸菌、葡萄球菌和微球菌、肠杆菌科、热死环丝菌是构成该地区冷却羊肉中主要微生物。假单胞菌属是该地区冷却羊肉中主要优势菌,其数量对数平均值与细菌总数的对数平均值相当。     

新疆伊犁牧区传统手工奶酪中微生物多样性及其功能分析

为探究新疆伊犁牧区传统手工奶酪中的可培养乳酸菌和细菌多样性,首先采用Illumina MiSeq高通量测序技术对细菌16S rRNA基因的V1～V3可变区进行测序分析,结果显示：14 份奶酪中共存在493 种细菌属和780 种细菌种,其中奶酪中的优势细菌属和优势乳酸菌属为雷尔氏菌属和乳杆菌属,优势乳酸菌种为瑞士乳杆菌,且奶酪中还存在致病菌。在此基础上,利用传统培养法从MRS培养基中筛选出68 株可培养疑似乳酸菌,经生理生化实验及16S rDNA序列同源性分析技术对其进行属种鉴定。结果表明：68 株疑似乳酸菌分别为短乳杆菌、融合魏斯氏菌、屎肠球菌、粪肠球菌、耐久肠球菌、鸟肠球菌、棉籽糖肠球菌、植物乳杆菌、瑞士乳杆菌,其中融合魏斯氏菌为奶酪中的优势乳酸菌种。在乳酸菌的属种鉴定上,传统培养法能够更准确地将乳酸菌鉴定到种水平。奶酪微生物基因COG功能预测结果显示：奶酪中的微生物富含与氨基酸转运和代谢有关的基因。将各个样品的微生物群落组成与功能组成进行比较,发现各个样品的细菌群落组成虽存在明显差异,但其功能组成却具有高度相似性。     

高通量测序分析正常及腐败熟成牛肉和牛舌细菌多样性

目的 解析正常与产生腐败异味的熟成牛肉和牛舌的优势细菌。方法 利用高通量测序技术分析熟成牛肉和牛舌的细菌多样性。结果 4组样品共获得有效序列数197144,基于序列16SrRNA基因97%的相似度,可划分为498个操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)。正常熟成牛肉(BG)、腐败熟成牛肉(BB)、正常熟成牛舌(BTG)、腐败熟成牛舌(BTB)样本OTU数分别为82、32、165、219。4组样品的Coverage、Sobs、Ace、Chao1与Shannon指数表明细菌多样性依次为:BTB>BTG>BG>BB。BG的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes,占比94.5%)的乳杆菌属(Lactobacillus,占比91.0%);BB的优势菌为变形菌门(Proteobacteria,占比99.0%)的不动杆菌属(Acinetobacter,占比92.3%)。BTG的优势菌为Firmicutes(占比67.6%)的Lactobacillus(占比62.8%); BTB的优势菌为Proteobacteria(占比80%)的假单胞菌属(P...     

3类辣椒对鲊广椒细菌类群和品质的影响

为了探讨3类辣椒对鲊广椒细菌类群和品质的影响,本研究分别以小米椒（Capsicum frutescens Linn.）、二荆条辣椒（Capsicum annuum L.）和菜椒（Capsicum annuum L. var. grossum (L.) Sendt.）为试验组进行了鲊广椒的制作,同时设置不添加任何蔬菜和只添加芹菜（Apium graveolens var. rapaceum）的2个对照组,并在此基础上采用电子舌和电子鼻技术对鲊广椒的品质进行了数字化评价,并结合高通量测序技术对其细菌类群进行了解析,最后对鲊广椒品质和优势菌属之间的相关关系进行了揭示。结果发现,较之小米椒制作的鲊广椒,二荆条和菜椒制作的鲊广椒细菌群系的多样性和丰度均较高。添加二荆条和菜椒制作的鲊广椒主要以乳酸杆菌（Lactobacillus）为主,其平均相对含量分别为77.53%和94.41%,而添加小米椒制作的鲊广椒以假单胞菌（Pseudomonas）为主,平均相对含量为67.35%。较之小米椒制作的鲊广椒,二荆条和青椒制作的鲊广椒酸味和芳香类物质的含量明显偏高,而挥发性物质中有机硫化物、萜类物质和氮氧化物等含量明显偏低。经皮尔逊（Pearson）相关性分析发现,提升鲊广椒发酵体系中Lactobacillus的含量能明显抑制鲊广椒中的不良风味,提升芳香类物质的含量。鲊广椒因其酸辣的口感而广受欢迎,由于菜椒辣度较低,因而选用二荆条辣椒作为主要原料进行鲊广椒的制作对提升产品的整体品质具有积极作用。     

冰鲜鸭优势腐败菌的鉴定

结合传统的细菌分离培养法与现代分子生物技术方法16SrDNA菌群分析法对冰鲜鸭中优势腐败菌进行鉴定。传统分离培养检测到了17株优势腐败菌,16SrDNA菌群分析表明,冰鲜鸭中假单胞菌占绝对优势,达到54％;气单胞茵、肠杆菌是仅次于假单胞菌的第二个类群,都分别占15％;乳酸菌、节杆菌、紫色杆菌以及一株未鉴定的属都分别占4％。     

真空条件下冷却羊肉的菌相消长规律

本文采用选择性培养基对冷却羊肉中的主要微生物进行了选择培养,分析研究了真空条件下冷却羊肉的菌相消长规律。结果表明:假单胞菌、乳酸菌、热死环丝菌和肠杆菌是构成冷却羊肉初始菌相的主要微生物;4℃冷藏过程中,乳酸菌的含量呈上升趋势,并快速成为绝对优势菌群,热死环丝菌和假单胞菌的含量呈下降趋势,肠杆菌的含量变化较小;乳酸菌的增长严重地抑制了假单胞菌、热死环丝菌和肠杆菌的增长。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

冲调谷物制品污染菌相的调查分析

目的 了解冲调谷物制品中的微生物污染情况及主要污染菌种类,探讨传统形态学鉴定法、分子生物学鉴定法和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS）鉴定微生物的适用效果。方法 以流通领域抽取的冲调谷物制品为研究对象,采用国家标准方法对其菌落总数和霉菌进行计数,分离纯化不合格产品中的污染菌,以基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS）结合16S rRNA序列分析方法对污染细菌进行鉴定,以MALDI-TOF-MS方法结合传统形态学鉴定方法对污染霉菌进行鉴定。结果 110批次冲调谷物制品的菌落总数不合格率为3.6%,霉菌计数不合格率为4.5%;分离得到的159株细菌可归于28个种,芽孢杆菌属（Bacillus）细菌为优势菌群,分离频率达到71.7%;分离得到的98株霉菌可划分至25个属,青霉属（Penicillium）和曲霉属（Aspergillus）为优势菌群,分离频率分别为12.4%和7.1%。污染菌中含有克罗诺杆菌（Cronobacter）等条件致病细菌和多种常见产毒真菌,存在一定的食品安全风险。结论 冲调谷物制品的微生物污染情况较为严重,生产企业应重视生产加工过程中的微生物污染问题,相关部门应加强对冲调谷物制品的食品安全监管。MALDI-TOF-MS方法在鉴定细菌时具有较大优势;受限于真菌数据库的不足,其用于食品来源霉菌鉴定的准确率有待提高。     

传统发酵食品浆水中厌氧微生物分离鉴定初探

通过对浆水中的厌氧微生物区系进行了分离与鉴定,初步分离得到7株菌株,经形态特征、培养特征、生理生化特征鉴定。结果表明:浆水中的优势菌群为乳酸菌和酵母菌,7株菌株初步鉴定A、B为酵母菌;C、E为乳杆菌;D为肠球菌;F为乳球菌。