基于cgcA基因实时荧光PCR快速检测穆汀斯克罗诺杆菌的研究

为实现奶粉中常见污染菌穆汀斯克罗诺杆菌的快速检测与控制,本文根据cgcA基因序列设计出特异性探针和引物,建立了运用实时荧光定量PCR法检测穆汀斯克罗诺杆菌的反应体系和反应条件,并对该法的特异性、灵敏度、稳定性进行评价,并进行人工染菌样品检测实验。特异性结果表明,对穆汀斯克罗诺杆菌的荧光PCR检测结果的特异性为100%;灵敏度结果表明,穆汀斯克罗诺杆菌检出限在440 cfu/m L;稳定性结果表明,穆汀斯克罗诺杆菌组内实验CV在0.48~0.69%之间波动,而组间实验CV在0.69~0.73%之间波动;人工染菌样品试验表明,在增菌6 h后能检出阳性。本研究所建立的实时荧光定量PCR法特异性好、灵敏度高、稳定性强,有望成为快速检测食品中穆汀斯克罗诺杆菌污染的新方法,具有很好的研究价值和应用前景。     

食品中鲍鱼过敏源基因成分的检测

目的本文建立食品中鲍鱼过敏源基因成分实时荧光PCR检测方法。方法采用蛋白酶K消化法提取鲍鱼肌肉组织中基因组DNA,针对鲍鱼管家基因16S r RNA基因设计特异性引物和探针,确定实时荧光PCR反应体系和反应条件,建立了鲍鱼过敏源基因成分实时荧光PCR快速检测方法。选用鱿鱼、海参等海产品进行特异性试验;采用添加方法制备灵敏度试验样品,分别制备了鲍鱼过敏源基因成分含量分别为100%、10%、1%、0.1%、0.01%、0.001%的样品。结果对非鲍鱼类食品进行检测,结果显示出良好的特异性;灵敏度试验表明,本文建立方法的最低检测下限为0.01%。结论本文建立了特异性好,灵敏度高的鲍鱼过敏源基因成分检测方法。     

预包装柳州螺蛳粉沙门氏菌实时荧光PCR快速检测

目的建立实时荧光PCR法快速检测预包装柳州螺蛳粉中沙门氏菌的分析方法。方法根据沙门氏菌invA基因设计引物和探针,优化反应体系中的探针浓度后对人工添加沙门氏菌和干扰菌模拟受污染的预包装柳州螺蛳粉样品进行检测。结果设计的引物和探针只对阳性菌株有荧光反应,具有良好的特异性,最佳反应探针终浓度为0.2μmol/L,检测灵敏度为100CFU/mL,扩增效率103.92%;对模拟污染的预包装柳州螺蛳粉经过一步增菌18 h后最低能检测出4 CFU/25 g沙门氏菌。结论实时荧光PCR检测灵敏度高、特异性强,可应用于预包装柳州螺蛳粉中沙门氏菌的快速高效检测。     

环介导等温扩增方法在食品中沙门菌检测的应用和评价

将环介导等温扩增检测方法应用于食品中沙门菌的检验,并在检测方法特异性、灵敏度等方面与实时荧光PCR和传统检测方法进行比较。方法 针对沙门菌属高度保守的fimY基因设计环介导等温扩增检测引物并优化反应体系,在特异性、灵敏度和实际样品检测等方面与实时荧光PCR及传统检测方法比对。结果 本研究建立的LAMP方法检测沙门菌93株和非目标菌31株,具有良好的特异性。在纯培养、无需增菌情况下,其检测灵敏度为6.4×10²cfu/ml,与实时荧光PCR方法相当。食品基质添加试验中,环介导等温扩增方法检测低限为2cfu/25g样品;对45份实际食品样品检测结果表明,该方法实际样品检出率为11.1%,与实时荧光PCR及传统方法检测结果一致。结论 本研究建立的沙门菌环介导等温扩增检测方法具有良好的特异性,检测灵敏度与实时荧光PCR相当,适用于沙门菌的快速筛选。     

绿色魏斯氏菌实时荧光定量聚合酶链式反应检测方法的建立

以rpoA基因为靶基因,建立绿色魏斯氏菌SYBR Green Ⅰ实时荧光定量聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）快速检测方法。针对rpoA基因设计特异性引物,建立绿色魏斯氏菌实时荧光定量PCR检测体系,通过特异性、灵敏度和重复性实验评价体系的检测效果,同时与常规PCR方法进行比较。结果表明：实时荧光定量PCR方法能够特异性检出绿色魏斯氏菌,对基因组DNA的检测灵敏度达到2.667×10－3 pg/μL,对纯培养物和模拟污染牛肉样品直接检测的灵敏度分别为30 CFU/mL和0.8 CFU/g;与常规PCR相比,实时荧光定量PCR检测的灵敏度是其1 000 倍;不同浓度样品独立重复实验循环阈值的标准差均小于1,变异系数在0.02%～1.28%之间。本研究所建立的绿色魏斯氏菌实时荧光定量PCR检测方法具有特异性好、灵敏度高、重复性好的特点,能够进行准确的定量检测,是快速检测绿色魏斯氏菌的有效手段。     

单核细胞增生李斯特菌荧光定量PCR检测试剂盒的研制

目的:建立一种用于单核细胞增生李斯特菌快速检测的荧光定量PCR试剂盒.方法:根据本课题组前期工作基础,针对单核细胞增生李斯特菌hly基因序列设计TaqMan探针和引物,建立荧光定量PCR检测方法,将反应试剂组装成试剂盒,并对该试剂盒的各项参数进行评价.结果:特异性试验表明,组装的试剂盒对8林单核细胞增生李斯特菌标准菌株的检测均呈阳性反应,对6株其它种的李斯特菌及13株食品(环境)中常见的非李斯特污染菌(如沙门氏菌、金黄色葡萄球菌)呈阴性反应.该试剂盒的基因组DNA检测灵敏度为3.94fg/反应(约合1.34CFU/反应).该试剂盒批内平均变异系数为2.2%,批间变异系数为1.9%,具有良好的重复性;同时稳定性强,反复冻融处理对其无明显影响;可在-20℃下避光保存1年.结论:该试剂盒具有特异性强、灵敏度高、重复性好、稳定性强等优点,可应用于单核细胞增生李斯特菌的快速检测.     

含内标的多重实时PCR法同时检测空肠弯曲菌和结肠弯曲菌

目的建立含内标的多重实时荧光PCR法同时检测空肠弯曲菌和结肠弯曲菌。方法针对空肠弯曲菌特有hipO基因和结肠弯曲菌特有ceuE基因设计引物探针,设计并优化内标DNA添加量。测试了方法的特异性、灵敏度以及在鸡肉中的检出限。结果内标的最适添加量为10~4copies/PCR。所建立方法对空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的灵敏度分别达到4.7copies/PCR和5.23copies/PCR;对115株空肠弯曲菌、49株结肠弯曲菌和42株非目标菌株在3种不同类型的实时荧光PCR仪上的特异性均达到100%;对鸡肉中空肠弯曲菌和结肠弯曲菌的检出限达到10CFU/25g,与传统检测方法一致。采用所建立的方法对50份市售生鲜鸡肉进行检测发现,空肠弯曲菌阳性率为12%(6/50),结肠弯曲菌阳性率为4%(2/50);传统国标检测方法除了1份空肠弯曲菌阳性样品未得到分离确认,其余PCR阳性样品均在平板上分离确认。结论该方法特异性强、灵敏度高、开放性好、含有内标可防止"假阴性",可应用于食品中2种重要致病性弯曲菌的快速同步检测。     

实时荧光环介导等温扩增技术检测乳粉中的肺炎克雷伯氏菌

为了建立食品中肺炎克雷伯氏菌灵敏快速的检测方法,根据GenBank中已公布的肺炎克雷伯氏菌phoE基因设计引物,利用实时荧光监测仪,建立实时荧光环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）技术检测食品中肺炎克雷伯氏菌的方法,可直观判定检测结果,仪器亦可自动显示检测结果。对该检测方法的特异性、灵敏度等方面进行研究,并与聚合酶链反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法进行比较。结果表明,实时荧光LAMP检测方法特异性强、灵敏度高。用于特异性实验的21 株实验菌株中,4 株肺炎克雷伯氏菌,呈现阳性结果,而其他17 株非肺炎克雷伯氏菌,均呈阴性结果;检测纯菌的灵敏度和检测人工污染乳粉的检出限分别为79 CFU/mL和79 CFU/g,是常规PCR检测方法的100 倍。总之,本研究建立的实时荧光LAMP检测方法灵敏度高、特异性强、耗时短、结果判定直观,实现了对肺炎克雷伯氏菌的快速检测。     

实时荧光环介导等温扩增技术检测熏肉中单增李斯特氏菌的研究

建立一种实时荧光环介导等温扩增方法(Real-Time Fluorescence Loop-mediated Isothermal Amplification,RTF-LAMP)来快速、灵敏地检测熏肉中单增李斯特氏菌。针对单增李斯特氏菌的特异性基因inl B设计4条LAMP引物,并建立一套最优的RTF-LAMP反应体系。对该方法进行特异性验证,同时对灵敏度和人工污染熏肉的检出限进行测定。3株单增李斯特氏菌被检测为阳性,17株非单增李斯特氏菌为阴性。表明引物具有良好的特异性。RTF-LAMP和传统LAMP检测单增李斯特氏菌的灵敏度分别为1.1×10~1、1.1×10~2 CFU/m L。通过对熏肉进行人工污染,得出RTF-LAMP的检出限为3.5×10~1 CFU/g。通过与国标方法GB 4789.30—2016进行对比并计算RTF-LAMP反应的敏感性,特异性和准确度,结果分别为100.00%、98.44%和98.46%。研究建立的RTF-LAMP能够实时、快速地检测熏肉中单增李斯特氏菌,具有良好的应用前景。     

单增李斯特菌毒力因子多重荧光PCR法 建立与应用

目的建立同时检测单增李斯特菌(Listeria monocytogenes)及其3种毒力因子的多重荧光PCR快速检测方法,并应用于日常食品的检测。方法根据单增李斯特菌溶血素基因hly A、内化素基因inl A和表面蛋白act A基因的保守序列,分别设计合成特异性引物和探针,优化多重荧光PCR反应体系。对该方法的特异性、敏感性和重复性进行评估。结果该法特异性强、敏感性高,对单增李斯特菌纯培养物的最低检出限410cfu/m L;重复性好,变异系数均小于2%。对84份食品检测结果与传统国标法相符,共检出单增李斯特菌4份,检出率为4.76%。多重荧光PCR检测方法耗时1 h,比传统方法节约2~5 d。4株单增李斯特菌分离株中2株同时含有inl A、act A、hly A 3种毒力基因,另2株为毒力基因act A缺失株,提示目前流行株并非同一来源。结论本研究建立的多重实时荧光PCR方法能同时对单增李斯特菌及其3种毒力因子进行快速检测,且灵敏度高、特异性好,为食源性疾病的病原学检测提供了快速可靠的方法。     

食品中空肠弯曲菌荧光重组酶聚合酶扩增检测方法的建立

本研究为了实现空肠弯曲菌的快速和便捷检测,建立了一种基于荧光重组酶聚合酶扩增技术(exo-RPA)快速检测空肠弯曲菌的方法。通过对空肠弯曲菌和对照菌株的exo-RPA检测来判断该方法的特异性。用梯度稀释的空肠弯曲菌作为模板进行检测来分析exo-RPA方法的灵敏度。通过对模拟污染样品检测来分析exo-RPA的应用效果。分别以exo-RPA和荧光PCR检测实际食品样品来分析二者的检测效果。空肠弯曲菌exo-RPA方法可特异检出空肠弯曲菌,检测灵敏度达到6.0×102CFU/m L。在模拟污染试验中,含2.5×101 CFU/m L空肠弯曲菌的增菌液在培养24 h后可以被exo-RPA检测出阳性信号。exo-RPA和荧光PCR对于40份样品的检测结果相同。本研究建立的空肠弯曲菌exo-RPA具有特异、灵敏和抗干扰性强的特点,方法操作简便快速,具有较好的应用前景。     

荧光PCR快速检测A、C、G群溶血性链球菌

克服现有文献中PCR检测方法仅能检测兰氏A群链球菌的局限,建立适用于溶血性链球菌群全族群的荧光PCR快速检测方法,实现与国家标准GB/T4789.11-2003检测范围一致。通过文献搜索以及杆菌肽敏感实验,对国标检验范围进行界定。使用CLUSTALX软件寻找兰氏A、C、G群保守序列并设计特异性引物和探针,同时通过特异性实验、模拟污染实验以及方法比对实验验证该方法的特异性、检出限及可靠性。特异性实验结果表明,该方法能特异扩增兰氏A、C、G群链球菌;模拟污染实验表明,在增菌18h后增菌液最低初始污染菌含量分别为3、50、2CFU/mL时,兰氏A、C、G群链球菌可被检出。110份样品比对实验结果表明与国标检测方法实验结果一致。该方法可应用于食品中溶血性链球菌的快速检测,并可为快速检测溶血性链球菌国家标准的建立提供参考。     

In-house validation of a real-time PCR method for rapid detection of<Emphasis Type="Italic"> Salmonella</Emphasis> ssp. in food products

A real-time polymerase chain reaction (PCR) method for Salmonella ssp. detection in food samples has been developed and validated in-house. The specificity of the assay was confirmed by tests with 295 different Salmonella strains, including four strains of Salmonella bongori. When tested with extracted Salmonella DNA the lowest detected amount was found to be 5 fg, which is equivalent to approximately one genome copy. The detection limit was further determined by artificial contamination of minced meat with S. Typhimurium cells and of pastry with S. enteritidis using the most probable number approach for cell dose dilutions. It was calculated that even one colony forming unit of Salmonella was still detectable in 25 g food after enrichment culture for 18 h. An additional PCR system for internal positive control, which was included in each reaction and detected in parallel via another reporter fluorescence dye, has no negative impact on the sensitivity of the assay. The method was evaluated with 1,293 naturally contaminated food samples and compared to the conventional cultural method. Of 55 positive PCR samples, 45 were confirmed by the cultural method. The statistical comparison revealed a correlation of 99.2% for specificity, of 100% for sensitivity and of 99.2% for trueness. The results of the comparative analysis and the advantages of the real-time PCR method for detection of Salmonella ssp. under routine laboratory conditions are discussed.     

TaqMan探针法实时荧光定量PCR快速检测沙门菌的探讨

为建立一种快速、灵敏、特异的实时荧光定量PCR法用于沙门菌的检验，根据GenBank上登录的编号为AE016841的沙门菌序列，应用生物学软件在fimY基因的保守区设计引物和TaqMan探针，同时应用BLAST程序进行网上序列比对，并进行筛选、优化。用鼠伤寒标准菌和60份食品样本进行本检测方法的特异性、敏感性和重复性试验，并与常规法和科玛嘉平板分离法做比较。本方法对沙门菌的检测具高度的特异性，检测的灵敏度这102CFU／ml，从增菌至完成检测仅需24h左右，是一种快速检测沙门菌的敏感、特异的新方法。     

实时荧光单引物等温扩增(SPIA)技术检测大肠杆菌O157的方法研究

建立一种快速、灵敏的食品中肠出血性大肠杆菌O157的检测方法。以大肠杆菌O157的特异性基因(rfbE)为靶序列,设计相应的RNA/DNA组合引物和链终止序列,优化引物浓度、Mg2+浓度、温度等反应条件,建立实时荧光单引物等温扩增(Real Time Fluorescence Single Primer Isothermal Amplification,实时荧光SPIA)检测大肠杆菌O157的方法,并对该方法的特异性、灵敏度以及人工污染检出限进行检测。确定了实时荧光SPIA法的最适反应条件,该方法可以在55 min内完成检测工作,除大肠杆菌O157外,其他细菌均未产生特异性荧光扩增曲线,而且实时荧光SPIA检测大肠杆菌O157的灵敏度为2.0 CFU/m L,对猪肉人工污染样品中大肠杆菌O157的检出限是4.0 CFU/g。实时荧光SPIA方法检测大肠杆菌O157具有耗时短,灵敏度高,特异性强,方法简便的优越性,为检测食源性致病菌构建了一个技术平台。     

高分辨率熔解曲线分析法检测食源性副溶血性弧菌

为建立一种快速鉴定副溶血性弧茵的HRM（高分辨率熔解曲线）real-timePCR法,以toxR为靶基因,结合特异性引物,通过优化反应体系及条件,进行特异性、敏感性及重复性评价,并初步应用于90份送检的鲜活海产品样本的检测。特异性试睑表明,该方法能选择性检测副溶血弧菌,Tm值为76．64±0．57℃;而与创伤弧菌、霍乱弧茵、金黄色葡萄球菌等多种海产品中常见的食源性病原菌没有交叉反应。灵敏度试验表明,该方法最少可检测toxR重组质粒的浓度为3．50×102copies／mL。重复性试验表明,同一样品于试验内及试验问的平均Tm值分别为76．53±0．35℃和76．74±0．52℃,变异系数分别为0．56±0．42％和1．11±0．73％。对90份鲜活海产品样本的检测证实该法可使阳性检出率从国标法的14．44%高至18．89％。本研究所建立的副溶血性弧菌HRMreal-ILrnePCR法具有特异性好、灵敏度高、重复性好的特点,能应用于食品样本的检测,具有很好的研究价值和应用前景。     

实时荧光PCR法鉴定食品中双歧杆菌

根据双歧杆菌属16S rRNA基因的保守区序设计特异性引物和探针,建立一种鉴定食品中双歧杆菌属的实时荧光聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）检测方法。对方法的特异性、灵敏度、重复性和体系抗干扰能力进行验证,最后采用该方法对市售25 份标示含双歧杆菌样品进行检测。结果表明：该检测方法可特异性检测双歧杆菌属细菌,对近缘的乳杆菌属、链球菌属及食品中常见菌群包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌等均无扩增。双歧杆菌DNA检测绝对灵敏度可达到2 pg,相对灵敏度可达到104 CFU/mL。重复性测试表明相对标准偏差小于1%。同时进行了杂菌干扰检测实验,在培养物水平和纯基因组DNA水平上将青春双歧杆菌ATCC15703与大肠杆菌ATCC25922混合进行检测,检出Ct值较纯菌检测时无显著影响,表明建立的荧光PCR方法抗干扰能力良好。对25 份市售实际样品进行测试,有5 份标识含有“双歧杆菌”的样品未检测出双歧杆菌成分。本研究所建立的实时荧光PCR法能准确、快速检测食品中双歧杆菌属细菌。     

阪崎肠杆菌zpx基因的分子信标一实时PCR技术研究

目的建立分子信标-实时PCR技术检测婴幼儿乳粉中阪崎肠杆菌的快速方法。方法在PCR反应体系中加入分子信标探针,探针的5’端标记FAM,3’端标记TAMRA,建立阪崎肠杆菌zpx基因分子信标-实时PCR技术快速检测方法。结果检测方法特异性强,无非特异性扩增;分子信标-实时PCR反应体系DNA灵敏度为180fg/PCR反应体系,纯阪崎肠杆菌菌液的检出限为102 CFU/ml,无交叉反应;以此反应体系检测23份样品,其中2份为阳性,余未检出,与传统检测方法结果一致。结论分子信标-实时PCR检测体系快速、灵敏度高、特异性强,可用于婴幼儿乳粉中阪崎肠杆菌的快速检测。