基于高通量测序分析不同发酵方式下黄精泡菜中微生物多样性

为探明母水发酵和接种发酵对黄精泡菜品质的影响，该文研究黄精泡菜发酵过程的相关理化指标和感官评价，并利用高通量测序方法分析不同发酵时间黄精泡菜中微生物群落组成和多样性的变化。结果表明，两种黄精泡菜发酵第3 天时pH 值为3.0，母水发酵总酸含量为11.9 g/kg，接种发酵总酸含量为7.3 g/kg，母水发酵第3 天和接种发酵第5 天成熟度最好，质地脆嫩、汁液清亮。两种黄精泡菜亚硝酸盐含量远低于标准限量（20 mg/kg）。通过微生物群落结构分析发现，两种黄精泡菜优势菌门是厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）；属水平上，接种发酵优势属是植物乳杆菌属（Lactiplantibacillus），而母水发酵优势属是植物乳杆菌属（Lactiplantibacillus）、迟缓乳杆菌属（Lentilactobacillus）、乳酸杆菌属（Lactobacillus）和嗜戊糖乳杆菌属（Secuutliactobacillus）。Alpha 多样性指数分析表明两种黄精泡菜微生物群落丰富度相近，母水发酵微生物多样性高于接种发酵；主成分分析表明，两种黄精泡菜微生物群落结构差异较大，母水发酵群落结构随发酵时间变化较大。     

汉中地区浆水发酵过程中微生物群落演替及其功能预测

该研究利用Illumina MiSeq测序技术，对发酵不同阶段的汉中浆水进行细菌与真菌多样性检测分析。结果表明，随着发酵的进行，细菌群落的丰度和多样性较为稳定，真菌群落的丰度和多样性先增加后趋于稳定。3个发酵时期中优势细菌门均为厚壁菌门（Firmicutes），优势细菌属为乳植杆菌属（Lactiplantibacillus）、腐败乳杆菌属（Loigolactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、寡碳乳杆菌属（Paucilactobacillus）、明串珠菌属（Leuconostoc）等；优势真菌门为担子菌门（Basidiomycota）和子囊菌门（Ascomycota），优势真菌属主要有双胞菌属（Cystofilobasidium）、白冬孢酵母属（Leucosporidium）、镰刀菌属（Fusarium）、德巴利酵母属（Debaryomyces）、Holtermanniella等。整个发酵过程中优势菌属相对含量有明显波动，参与发酵的真菌种类多于细菌。微生物功能预测结果显示，细菌中涉及代谢、遗传信息处理和环境信息处理的通路比例分别为（74.11±0.11）%、（12....     

浓香型白酒发酵过程中酒醅微生物群落结构解析及其与风味物质的相关性

以浓香型白酒连续发酵的酒醅样品为研究对象，基于高通量测序技术分析白酒发酵过程微生物群落组成及动态变化，采用气相色谱-质谱联用（gas chromatography-mass spectrometry，GC-MS）法测定酒醅样品中的挥发性风味物质，并分析微生物群落与风味物质的相关性。结果表明，发酵过程中酒醅样品细菌的丰富度和多样性高于真菌，厚壁菌门（Firmicutes）和子囊菌门（Ascomycota）分别是丰度最高的优势细菌门和真菌门。平均相对丰度大于1%的优势细菌属有乳杆菌属（Lactobacillus）、蚤蝇属（Levilinea）和普雷沃菌属（Prevotella）等；优势真菌属有酵母菌目的未分类属（unclassified Saccharomycetales）、嗜热真菌属（Thermomyces）和曲霉属（Aspergillus）等。微生物与主要风味物质的相关性研究发现，在浓香型白酒发酵过程中，与主要风味物质相关的微生物包括8 个菌属，分别为Thermomyces、Naumovozyma、酵母属（Saccharomyces）、Lactobacillus、醋酸杆菌（Acetobacte）、梭状芽孢杆菌属（Clostridium）、假丝酵母属（Candida）和Aspergillus。     

泡菜母水细菌群落组成及潜在基因功能分析

为探究泡菜母水中细菌群落组成及潜在功能基因的多样性,采用扩增子测序变体对密闭储存于25℃下、培养不同时长的泡菜母水中细菌群落组成进行分析,并对所得细菌序列进行基因功能预测分析。储存1、8、30 d的泡菜母水中细菌alpha多样性存在差异,但其优势菌群组成相似。从泡菜母水获得细菌20门、33纲、79目、92科、320属、388种。门水平上：厚壁菌门和变形菌门占比均较高,在1、8、30 d中占比分别为52.52%和52.96%、47.55%和47.46%、45.68%和52.17%。泡菜母水中优势属（占总体系含量>1%）有8个：肠杆菌属、明串珠菌属、未分类的肠杆菌属、乳球菌属、柠檬酸杆菌属、未分类的乳杆菌属、未分类的乳酸杆菌属、拉恩氏菌属;稀有属（占总体系含量<0.01%）种类较多,共有99个,在不同储存时长泡菜母水中的组成差异较大;未能鉴别的细菌类群有1门38科89属173种。泡菜母水中能够注释的功能基因有6个类型364种,主要与新陈代谢、遗传信息、细胞转化、致病、环境信息处理和有机系统相关。     

四川泡菜母水的微生物群落与理化特性分析

为明确泡菜母水中的优势微生物与理化特性的相关性,采用高通量测序技术分析母水中的微生物群落结构,并进行相关性分析。结果表明：泡菜母水的总酸含量为3.00～18.90 g/kg,pH值为3.27～4.71,盐含量为11.00～15.50 g/100 g,检出草酸、苹果酸、琥珀酸和乳酸等7种有机酸。微生物主要群落包括厚壁菌门和子囊菌门2个门,占比均超过99.00%。优势细菌是乳杆菌属、片球菌属,优势真菌是毕赤酵母属、哈克斯坦酵母属、德巴利酵母属。相关性分析表明,乳酸杆菌属与乳酸呈显著正相关关系（P<0.05）,与乙酸呈极显著正相关关系（P<0.01）。片球菌属与苹果酸呈极显著正相关关系（P<0.01）。结论：乳酸杆菌和片球菌是泡菜母水的优势微生物,研究结果为泡菜母水高效发酵菌株的选育和泡菜工业化生产提供试验参考。     

应用高通量测序法检测南疆传统酸奶中微生物多样性

采用高通量焦磷酸测序技术和传统培养法对3?份阿图什和1?份乌什传统发酵酸奶进行微生物群落多样性分析。结果表明：4?份样品在3?种培养基上的微生物数量和种类存在差异,即从MRS、YGC及?Lee氏培养基上得到的质量控制后细菌有效序列为20?669条,真菌质量控制后有效序列为293?677?条。在细菌水平上,厚壁菌门（Firmicutes）为各样品中占优势细菌门,丰富度最高,其次为变形菌门（Proteobacteria）;属于厚壁菌门的乳杆菌属（Lactobacillus）和链球菌属（Streptococcus）为其中占优势细菌属。在真菌水平上,子囊菌门（Ascomycota）为占优势真菌门,其次为担子菌门（Basidiomycota）;属于子囊菌门的酵母菌属（Saccharomyces）和克鲁维酵母属（Kluyveromyces）为占优势真菌属。本研究结果为新疆传统发酵酸奶微生物资源开发、应用提供了微生物多样性依据。     

基于高通量测序技术分析汉中地区泡菜水细菌多样性

该研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对陕西省汉中地区泡菜水中的细菌构成进行解析,并采用生物信息学方法对其多样性进行分析,同时结合多元统计学等手段探讨汉中泡菜水中微生物结构的差异。结果表明,泡菜水样品中的细菌菌群主要隶属于24个门的553属,优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,其平均相对含量分别为89.12%和7.89%;优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）、乳杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其平均相对含量分别为52.06%、31.40%、4.89%和1.83%。汉中地区的泡菜水样品可以划分为两个聚类,隶属于不同聚类泡菜水样品的α多样性指数无显著性差异（P＞0.05）,但细菌菌群结构存在较大差异（P＜0.05）,且片球菌属和乳杆菌属的相对含量存在显著性差异（P＜0.05）。同时,不同聚类的泡菜水中均存在一些低丰度物种,且均为一些较为独特的细菌类群。     

山西陈醋发酵过程微生物群落动态分析及差异菌属筛选

本研究利用高通量测序对山西陈醋发酵过程中的微生物群落组成进行了探讨,并分析了酒精发酵和醋酸发酵这两大发酵阶段的菌群变化。结果表明,对于细菌群落结构,醋曲（R1）、酒精发酵阶段（R2）和醋酸发酵阶段（R3）中的主要菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,R1中的主要优势菌属为魏斯氏菌属（Weissella）,R2中主要优势菌属起初为魏斯氏菌属（Weissella）,发酵后期逐渐乳杆菌属（Lactobacillus）占优势,R3中占绝对优势的菌属由最初的乳杆菌属（Lactobacillus）转变为醋杆菌属（Acetobacter）,对于真菌群落结构,R1、R2和R3中的主要菌门为子囊菌门（Ascomycota）和担子菌门（Basidiomycota）,R1中的主要优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,曲霉属（Aspergilus）和米勒酵母属（Millerozyma）,R2中处于绝对优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）,且在此阶段呈上升趋势,R3中伊萨酵母属（Issatchenkia）仍然是主要菌属,在此阶段呈现出先上升后下降的趋势,相对丰度最高达到81.3%。R2与R3有6个显著差异菌属,分别为葡萄球菌属（Staphylococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、肠球菌属（Enterococcus）、明串珠菌属（Leuconostoc）、土芽孢杆菌属（Geobacillus）和曲霉属（Aspergillus）。综上,山西陈醋不同发酵阶段的微生物群落结构具有差异性,并随着发酵进行不断变化。     

基于高通量测序的陶融型大曲微生物群落结构分析

利用高通量测序技术研究成品陶融型大曲的微生物群落结构，并与大曲的理化性质进行相关性分析。结果表明：大曲中共检测到83?个细菌可操作分类单元（operational taxonomic units，OTU），主要细菌类群为厚壁菌门（Firmicutes）占79.15%、变形菌门（Proteobacteria）占15.30%、放线菌门（Actinobacteria）占4.05%、蓝藻门（Cyanobacteria）占1.42%，其他占0.08%，优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）、泛菌属（Pantoea）、明串珠菌属（Leuconostoc）、Kroppenstedtia、糖多孢菌属（Saccharopolyspora）、片球菌属（Pediococcus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、Enterobacteriaceae_unclassified、Mitochondria_norank、伯克霍尔德菌属（Burkholderia）、Cyanobacteria_norank；检测到34 个真菌OTU，其中子囊菌门（Ascomycota）为绝对优势菌群，占99.19%，优势菌属为unidentified、嗜热真菌属（Thermomyces）、嗜热子囊菌属（Thermoascus）、曲霉属（Aspergillus）、根毛霉属（Rhizomucor）、威克汉姆酵母（Wickerhamomyces）、哈萨克斯坦酵母（Kazachstania）；陶融型大曲中细菌的多样性远高于真菌，大曲主体微生物明显，不同种属的微生物与大曲相关理化指标呈显著相关性。该研究对于指导陶融型大曲制作工艺的优化及陶融型白酒的生产具有重要意义。     

基于高通量测序技术分析腐乳自然发酵过程微生物多样性

采用高通量测序技术对腐乳自然发酵过程中的微生物多样性进行分析。结果表明,发酵第一阶段,占比较大的细菌门为变形菌门（Proteobacteria）,细菌属为不动杆菌属（Acinetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第二阶段,占比较大的细菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）,细菌属为类香味菌属（Myroides）、丛毛单胞菌属（Comamonas）和假单胞菌属（Pseudomonas）,真菌门为担子菌门（Basidiomycota）,真菌属为久浩酵母属（Guehomyces）和假丝酵母属（Candida）;发酵第三阶段,占比较大的细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,细菌属为乳球菌属（Lactococcus）、果胶杆菌属（Pectobacterium）,真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,真菌属为链格孢属（Alternaria）、赤霉菌属（Gibberella）。整个发酵过程中微生物群落结构分布变化明显,不同阶段主要存在的菌属不同,既有利于发酵的有益菌属,也有影响食品安全的有害菌属。     

不同盐质量分数泡白菜发酵过程中乳酸菌群落结构的变化

设计3种不同盐质量分数的泡白菜,包括低盐(2%)、中盐(5%)、高盐(8%),利用可培养方法结合多种分子生物学手段研究其发酵过程中乳酸菌的群落结构。结果表明:盐质量分数越低,乳酸菌增长速率越快。本研究从3种不同盐质量分数泡白菜发酵过程中分离筛选得到了563株乳酸菌,并采用16S rDNA测序、多重聚合酶链式反应、聚合酶链反应-限制性片段长度多态性、API 50CH等多种不同的鉴定方法进行鉴定,鉴定结果表明这563株乳酸菌属于5个属11个种。结果表明,低盐泡白菜发酵前期的优势菌为Lactococcus lactis、Lactobacillus pentosus和Leuconostoc,发酵后期则由Lactobacillus pentosus主导;中高盐泡白菜发酵前期由Lactobacillus pentosus和Weissella主导,发酵后期主要由Lactobacillus pentosus完成。     

四川泡菜与乳酸菌的研究

四川泡菜是中国泡菜的代表,历史悠久,传承千年,其独特的微生物发酵显示着其强大的生命力。文章以传统优质四川泡菜为研究对象,在传统微生物学的基础上,应用PCR-DGGE现代分子生物技术,研究了泡菜优势微生物菌群和生态分布及其发酵变化,其中初步确定了植物乳杆菌、肠膜明串珠菌和短乳杆菌及耐乙醇片球菌等乳酸菌是四川泡菜发酵的优势菌群,同时对四川泡菜产业和分类及乳酸菌进行了概述。     

四川泡菜乳酸菌多样性及其功能特性

文中以传统优质四川泡菜为研究对象,初步研究了不同区域优势微生物菌群和生态分布,乳酸菌多样性表现于四川泡菜之中,初步确定了植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesente-roides)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis)及耐乙醇片球菌(Pediococcus ethanoliduran)等乳酸菌是四川泡菜发酵的优势菌群,同时对收集的四川泡菜微生物的部分功能特性进行了初步研究,为泡菜微生物功能拓展及应用奠定一定的基础。     

基于高通量测序分析复配小曲白酒发酵过程中微生物群落结构及多样性

利用高通量测序对复配小曲清香型白酒酿造过程中微生物多样性及变化规律进行比较分析。结果表明，样品中共检测出35 个门、378 个属的细菌和4 个门、38 个属的真菌。优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、子囊菌门（Ascomycota）和毛霉菌门（Mucoromycota）。小曲白酒发酵过程中菌群结构不断发生变化，发酵前2 d细菌优势菌属为不明立克次体菌属（unidentified Rickettsiales），发酵3 d后的绝对优势菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）直至发酵结束。真菌优势菌属为伊萨酵母属（Issatchenkia）、根霉属（Rhizopus）、酵母菌属（Saccharomyces）和曲霉属（Aspergilus）。随着发酵时间延长，根霉属和曲霉属相对丰度都在降低，而酵母菌属在发酵第2天后其相对丰度在不断提高并成为优势菌。本研究揭示了复配小曲白酒酿造发酵过程中微生物群落多样性及变化规律，为复配小曲白酒的生产提供理论支持。     

酱醅与豆酱微生物关系研究

为探究酱醅与豆酱微生物之间的关系,以两份自然发酵酱醅和一份工业发酵酱醅为对象,应用Miseq测序对酱醅及其发酵豆酱进行微生物测序分析。结果表明:在门水平上,酱醅和豆酱的优势菌门都为子囊菌门(Ascomycota)和厚壁菌门(Firmicutes);在属水平上,酱醅与豆酱中的优势真菌都为青霉菌(Penicillium)和毛霉菌(Mucor),但优势细菌的组成不同,其中两份酱醅样品(LK和SK)的优势菌属为芽孢杆菌(Bacillus)和乳杆菌(Lactobacillus),另一份酱醅样品(FK)的优势菌属为乳杆菌(Lactobacillus)、枝芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis);在后期发酵过程中,虽然不同样品发酵前期细菌的群落组成不同,但随着发酵的进行,优势菌都为四联球菌(Tetragenococcus)。本研究阐明了酱醅与豆酱之间的微生物关系,为豆酱发酵过程控制提供了理论基础。     

基于高通量测序解析四川晒醋固态发酵过程中细菌群落变化

本文以四川晒醋固态发酵过程的醋醅为研究对象,采用高通量测序分析其细菌群落结构及其丰度。结果表明,在整个发酵过程中,醋醅中的细菌群落共包括166个属。当发酵第15 d时,经可操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）分析共得到11个门、14个纲、36个目、45个科和79个属;通过UPGMA聚类分析初步探索了糖化、酒精发酵和醋酸发酵同池发酵的分界节点,即第1~3 d为发酵初期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌（Weissella）;第5~11 d为发酵中期,其优势细菌为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌属（Acetobacter）,在发酵第7 d时细菌的丰富度和多样性达到最高值;第13~17 d为发酵后期,其优势细菌为醋杆菌属（Acetobacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、嗜糖假单胞菌属（Pelomonas）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas）。本研究揭示了晒醋固态发酵过程中细菌群落演替,为进一步研究晒醋发酵过程中微生物群落结构奠定了基础。     

山西陈醋酿造微生物群落结构及其互作网络分析

为揭示山西陈醋酿造过程微生物群落的演替规律和相互作用,采用高通量测序技术对6个不同发酵阶段醋醅样品的微生物群落组成结构和多样性进行分析,通过斯皮尔曼相关系数（SCC）计算得到物种相关系数矩阵后,并利用互作网络数据可视化的软件Cytoscape 3.7.2研究发酵菌群的共存关系网络。结果表明,醋醅中细菌群落多样性远高于真菌群落。醋醅中优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）和醋酸杆菌属（Acetobacter）,优势真菌属为复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）。细菌互作网络分析表明,醋酸杆菌属（Acetobacter）与乳酸杆菌属（Lactobacillus）、魏斯氏菌属（Weissella）具有显著的拮抗性;乳酸杆菌属（Lactobacillus）和魏斯氏菌属（Weissella）存在协同作用。真菌互作网络分析表明,复膜孢酵母属（Saccharomycopsis）与链格孢属（Alternaria）存在显著负相关关系。     

泡菜母水中细菌群落的动态变化规律及结构解析

细菌是泡菜发酵过程中的主要微生物类群,本研究采用扩增子序列变体（Amplicon sequence variants,ASV）高通量测序技术,持续跟踪并解析了泡菜制作完成后30 d内,25 ℃恒温、密闭保存条件下母水中的细菌群落结构及其动态变化规律。结果显示,30 d内共鉴别出10门、205属细菌,其中,优势属（占总体系含量>1%）12个,占比94.7%~97.8%;次优势属（0.1%<占总体系含量<1%）13个,占比2.1%~3.3%;稀有属（占总体系含量<0.1%）180个,占比0.08%~2.7%。在保存起始的1~7 d内,群落相对稳定（A阶段）;8~20 d次优势属和稀有属细菌发生持续变化（B阶段）,其中第8 d稀有属与次优势属发生非常剧烈的变化;22~30 d内优势属、次优势属、稀有属细菌都发生明显变化（C阶段）。Chao1、Ace指数在1~30 d内呈上升趋势,Shannon、Simpson指数在22~30 d（C阶段）达到高峰。由此,A和B、B和C阶段的群落相似,但A与C的群落不同,同时三个阶段内母水pH也发生了相对应的变化。在25 ℃、密闭储存泡菜母水中稀有属和次优势属的细菌动态变化使母水细菌群落结构在30 d内发生了持续改变并出现累积效应,母水的pH与细菌群落相互影响;在25 ℃、密闭条件下泡菜母水的最佳保存时长为一周。