不同原料四川发酵泡菜的细菌多样性分析

四川泡菜是一种风味独特的发酵蔬菜制品,为了解其细菌多样性,采用构建16SrRNA基因文库及ARDRA分型分析,对榨菜、萝卜、豇豆和青菜4种不同原料泡菜样品进行研究。结果表明:所得到的657个阳性克隆子分布于28个属,榨菜、萝卜、豇豆和青菜的主要优势菌分别为Lactobacillus和Halomonas;Lactobacillus,Halanaerobium和Halomonas;Unclassified Rhodobacteracea,Lactobacillus,Halomonas,Chromohalobacter和Halanaerobium;Unclassified Rhodobacteraceae,Halomonas,Marinobacter和Salegentibacter。研究结果揭示了四川泡菜的细菌多样性,反映了不同原料四川泡菜的微生物群落结构及其差异性,为进一步探究泡菜风味成分的形成机制以及工业化生产提供了一定的理论基础。     

青菜泡菜工业发酵过程中微生物群落结构变化分析

采用PCR-DGGE和qPCR技术检测四川工业青菜泡菜发酵过程中微生物群落组成。细菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜中含有2个门,分别是厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);共有12个细菌属,包括乳杆菌属(Lactobacillus)、盐单胞菌属(Halomonas)和假单胞菌属(Pseudomonas)等,其中乳杆菌属的相对丰度最高,qPCR检测其含量为10~7～10~(11) copies/mL。真菌DGGE条带表明,工业青菜泡菜的真菌属有5个,分别是德巴利氏酵母属(Debaryomyces)、假丝酵母属(Candida)、酵母属(Saccharomyces)、柯达酵母属(Kodamaea)、Cystofilobasidium,其中德巴利氏酵母属的相对丰度最高。     

酸菜发酵期间细菌群落结构动态变化分析

以自制酸菜为研究对象,利用16S rRNA高通量测序技术检测酸菜发酵期间细菌群落的组成及演替规律。结果表明,发酵第1天的酸菜样本中微生物丰富度和多样性最高,随着发酵的不断进行,微生物丰富度和多样性呈先降后缓慢增加的趋势。细菌群落结构与发酵进程显著相关,因此不同发酵时期优势菌属不同。酸菜发酵期间的主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（0.01%～82.32%）、肠杆菌属（Enterobacter）（0～20.60%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（1.66%～9.48%）、盐单胞菌属（Halomonas）（0.03%～1.84%）和魏斯氏菌属（Weissella）（0.01%～8.26%）等,其中乳酸菌占据绝对的优势地位。     

应用16S rDNA克隆文库技术解析四川泡菜发酵过程中的细菌多样性

采用构建16SrDNA基因文库的方法,对四川泡菜发酵过程中细菌多样性进行了研究。结果表明:所得到的1190个克隆子分布于17个类群,泡菜发酵1天细菌多样性最高,发酵31天细菌多样性最低。发酵前期的绝对优势菌为Pseudomonas(35.0%),Vibrio(56.9%),主要优势菌为Lactobacillus(29.5%),Acinetobacter(15.4%),Halomonas(14.3%),Sphingobacterium(12.9%);发酵中期的绝对优势菌为Lactobacillus(94.0%),主要优势菌为Vibrio(12.8%);发酵后期的绝对优势菌为Lactobacillus(50.3%),主要优势菌为Vibrio(19.8%),Halomonas(13.0%),Arcobacter(11.1%),此结果揭示了四川泡菜发酵过程中的细菌多样性,可为四川泡菜的基础研究提供一定的理论基础。     

生鲜罗非鱼片在冷藏过程中细菌群落演替的PCR-DGGE分析

分析了生鲜罗非鱼片在腐败过程中细菌群落的演替规律。以4℃有氧冷藏条件下的生鲜罗非鱼片为研究对象,定期提取鱼片上的细菌总DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术连续分析细菌群落演替,对DGGE电泳胶片上的主要DNA条带进行序列分析并构建系统发生树。结果表明:9个主要的DNA条带所代表的细菌来源于以下几个属:希瓦氏菌属(Shewanella)、无色杆菌属(Achromobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、短杆菌属(Brevibacterium)、迪茨氏菌属(Dietzia)、紫色杆菌属(Janthinobacterium)、黄杆菌属(Flavobacterium)。在冷藏初期即第0～6d鱼片上的细菌包括8个属,即无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属、假单胞菌属、不动杆菌属、短杆菌属、迪茨氏菌属、紫色杆菌属;冷藏9d后鱼片发生腐败,此时无色杆菌属、希瓦氏菌属、嗜冷杆菌属和假单胞菌属的细菌成为优势种;冷藏12d时出现黄杆菌属细菌。     

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌,通过对宏基因组DNA进行高通量测序,分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构,同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明,对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富,其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio,8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio,7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus,7.20%）和未分类菌（unclassified,16.08%）;4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium,46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas,11.01%）,15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%）,25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium,18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus,10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现,新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低,大部分为假交替单胞菌属（89.46%）,在25?℃腐败后,可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella,17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌,为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。     

传统泡菜腐败过程中膜醭和盐卤的 微生物区系分析

目的研究以Lactobacillus plantarum为菌剂发酵的传统泡菜在腐败过程中微生物的区系变化。方法通过提取腐败前、中、后期3个阶段腐败膜醭及盐卤中微生物总基因组并构建16S r RNA基因文库,分析其细菌群落构成和动态变化,并通过丰富度指数SChao1和SACE、覆盖率及多样性指数H等揭示其群落多样性。结果从不同阶段膜醭和盐卤样品中共检测到Lactobacillus等15个属,盐卤及膜醭不同腐败阶段的微生物区系差异较大。其中L.plantarum为腐败前期膜醭及盐卤样品中的优势菌。腐败中期膜醭中的优势菌群为L.plantarum、Propionbacterium acidipropionici,腐败中期盐卤中的优势菌为L.plantarum、Enterococcus malodoratus、P.acidipropionici。而腐败后期样品中,膜醭的优势菌为E.malodoratus、Providencia rettgeri和Shewanella algae,盐卤的优势菌为Morganella morganii、S.algae、E.malodoratus和Proteus mirabilis。结论盐卤及膜醭中的微生物区系在腐败前、中、后期都以细菌为主并细菌种类有差异较大。腐败前期以革兰氏阳性为主,腐败后期以革兰氏阴性为主。     

冷鲜猪肉贮藏过程中细菌群落结构演替规律分析

为探究冷鲜猪肉在贮藏过程中细菌群落结构的演替规律。将新鲜猪肉使用非密封包装进行低温贮藏,每天取样1次(共10 d),测定每日样品的pH值和挥发性盐基氮含量,并通过16S r DNA高通量测序技术分析细菌的多样性、群落组成和演替规律,探究细菌群落变化与腐败指标之间的相关性。通过Alpha多样性分析可知,猪肉在冷藏过程中细菌丰度和多样性总体上呈"三级台阶"的下降,丰度和多样性最高点在D3。在门水平上优势菌为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门;在目水平上优势菌为假单胞菌目和肠杆菌目;在属水平上优势菌为假单胞菌属、不动杆菌属和泛菌属。对各菌属相对丰度变化的分析表明假单胞菌属,与肠杆菌属、泛菌属之间存在互生关系。细菌相对丰度和腐败指标的相关性表明猪肉腐败过程中拉乌尔菌属和醋杆菌属的相对丰度与挥发性盐基氮含量具有较强的相关性。     

俄罗斯卡尔梅克共和国发酵蔬菜中细菌多样性研究

通过纯培养的方法结合16S rRNA测序技术对采集自俄罗斯卡尔梅克共和国埃利斯塔市郊的2份发酵蔬菜样品中的乳酸菌进行了分离、鉴定,并构建了系统发育树。经过鉴定,共从2份样品中获得了19株乳酸菌,分属于Lactobacillus(14株)、Pediococcus(3株)和Leuconostoc(2株),其中包括7株Lactobacillus plantarum;1株Lactobacillus brevis;2株Lactobacillus delbrueckii;1株Lactobacillus helveticus;1株Lactobacillus kefiranofaciens;2株Lactobacillus kefiri;1株Leuconostoc lactis;1株Leuconostoc mesenteroides;2株Pediococcus ethanolidurans;1株Pediococcus pentosaceus。此外,该研究以细菌16S rRNA的V1-V3区为靶序列,采用454焦磷酸测序技术从宏基因组角度对2份样品中细菌的丰度和多样性进行了分析,分别从2份样品中获得了10869和12204条高质量序列。经过与RDP(Ribosomal Database)数据库比对,发现隶属于硬壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌属(Lactobacillus)和乳球菌属(Lactococcus)分别占到样品中细菌总数的91.66%和3.81%,成为绝对优势菌属。此外,还鉴定到了弧菌属(Vibrio)、片球菌属(Pediococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、克鲁维菌属(Kluyvera)等。     

暗纹东方鲀冷藏期间细菌群落结构与功能变化

目的：探究暗纹东方鲀（Takifugu obscurus）冷藏期间的微生物群落结构与功能变化规律，明确贮藏过程的优势菌属。方法：通过高通量测序技术研究冷藏期间（4℃，8 d）暗纹东方鲀细菌群落结构组成与变化规律，利用Tax4Fun2软件进行细菌群落功能预测，并测定其挥发性盐基氮（Total Volatile Basic-N,TVB-N）、pH、感官评分等指标变化。结果：高通量测序表明贮藏期间样品细菌群落发生显著变化，初期的主要菌属有不动杆菌属（Acinetobacter）、乳杆菌属（Lactobacillus）、气单胞菌属（Aeromonas）、假单胞菌属（Pseudomonas）等，贮藏后期假单胞菌属（Pseudomonas）的相对丰度增至91.7%以上，成为优势菌属。贮藏初期α多样性指数较高，贮藏后期明显降低。细菌群落功能预测结果显示贮藏后期的氨基酸代谢、细胞交流、膜运输等功能通路丰度升高。贮藏后期样品pH、挥发性盐基氮值、菌落总数呈上升趋势，感官评分呈下降趋势。结论：样品贮藏过程中，微生物群落结构与功能发生明显演替，假单胞菌属（Pseudomonas）是贮藏过程中的优势菌属；该结...     

高通量测序分析正常及腐败熟成牛肉和牛舌细菌多样性

目的 解析正常与产生腐败异味的熟成牛肉和牛舌的优势细菌。方法 利用高通量测序技术分析熟成牛肉和牛舌的细菌多样性。结果 4组样品共获得有效序列数197144, 基于序列16S rRNA基因97%的相似度, 可划分为498个操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)。正常熟成牛肉(BG)、腐败熟成牛肉(BB)、正常熟成牛舌(BTG)、腐败熟成牛舌(BTB)样本OTU数分别为82、32、165、219。4组样品的Coverage、Sobs、Ace、Chao与Shannon指数表明细菌多样性依次为: BTB>BTG>BG>BB。BG的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes, 占比94.5%)的乳杆菌属(Lactobacillus, 占比91.0%); BB的优势菌为变形菌门(Proteobacteria, 占比99.0%)的不动杆菌属(Acinetobacter, 占比92.3%)。BTG的优势菌为Firmicutes(占比67.6%)的Lactobacillus(占比62.8%); BTB的优势菌为Proteobacteria(占比80%)的假单胞菌属(Pseudomonas, 占比70.9%)。结论 Lactobacillus是发酵熟成牛肉与牛舌的有益菌, Acinetobacter与Pseudomonas是导致熟成牛肉与牛舌腐败变质的优势菌。有必要针对Acinetobacter与Pseudomonas采取控制措施, 防止牛肉制品熟成过程发生腐败变质。     

不同发酵时期酸马奶细菌群落结构

以聚合酶链式反应扩增16S rRNA基因序列采用454焦磷酸测序方法分析酸马奶传统发酵过程中细菌群落结构演替变化。结果表明：在发酵的初期细菌多样性最高,而细菌丰度在72 h时最高;硬壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）为酸马奶中的优势细菌门;乳杆菌属（Lactobacillus）和乳球菌属（Lactococcus）为其优势细菌属;随着发酵时间的延长,各个细菌门与属都存在上升或下降的趋势变化。本研究可为其他乳制品发酵过程中细菌群落结构研究提供借鉴。     

甘南地区牦牛曲拉中细菌群落结构

基于Illumina MiSeq高通量测序平台,对甘南牦牛曲拉样品中细菌16S rRNA V3-V4区进行测序,通过α多样性、物种分类组成及β多样性分析对曲拉中细菌多样性及群落结构进行分析。结果表明：曲拉样品中优势门为厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）,优势属为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋酸杆菌属（Acetobacter）、乳球菌属（Lactococcus）,不同来源的样品中群落组成存在差异;细菌的功能基因预测表明,不同来源样品的细菌群落之间存在差异。研究结果可为曲拉的利用和食用安全性提供理论依据。     

冷藏卵形鲳优势腐败菌的分离鉴定及致腐能力分析

为研究卵形鲳鲹冷藏末期的优势腐败菌及其致腐能力,采用传统选择性培养结合16S rDNA序列分析法,对卵形鲳鲹4℃贮藏期间腐败菌分别进行分离纯化、菌相分析及菌属确定,并以腐败物质的产量因子Y_TVB-N/CFU为评价标准,定量分析了贮藏末期优势菌的致腐能力。结果得出,卵形鲳鲹4℃贮藏过程中共分离纯化出16株细菌,其中革兰氏阴性菌10株,革兰氏阳性菌6株,其分属6个菌属。贮藏初期（0 d）时菌相丰富,希瓦氏菌属（Shewanella sp.）、假单胞菌属（Pseudomonas sp.）、葡萄球菌属（Staphylococcus sp.）、芽孢杆菌属（Bacillus sp.）、乳酸杆菌属（Lactobacillus sp.）与肠杆菌属（Enterobacter sp.）等均有出现;中期（3 d）菌群种类有所减少,以希瓦氏菌属（Shewanella sp.）与假单胞菌属（Pseudomonas sp.）所占比例较高,后期（6 d）种类进一步减少,只有3株菌占较高,分别是2号腐败希瓦氏菌（Shewanella putrefaciens 48%）、5号奥奈达希瓦氏菌（Shewanella oneidensis 26.6%）与16号霍氏肠杆菌（Enterobacter hormaechei 19.4%）;致腐能力由高至低依次为腐败希瓦氏菌 > 奥奈达希瓦氏菌 > 霍氏肠杆菌,其中腐败希瓦式菌致腐能力显著强于另两株菌;综合贮藏末期所占比例及致腐能力结果,最终确定腐败希瓦氏菌为4℃贮藏下卵形鲳鲹的优势腐败菌。     

基于16S rRNA的徽派腊肉加工过程中微生物群落结构分析

为探究徽派腊肉加工过程中的微生物群落演替规律,采用高通量测序技术对不同加工阶段的徽派腊肉中微生物16S rRNA进行V3～V4区测序,比较不同加工阶段（鲜肉、腌制中期、腌制结束、成熟中期、成熟结束）腊肉中细菌群落结构组成及多样性差异。结果表明：5 个加工阶段分别获得80 155、80 116、80 174、80 114、80 174 条有效序列;在门分类水平上,厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinomycetes）、拟杆菌门（Bacteroides）相对丰度较高;在属分类水平上,鲜肉、腌制中期和腌制结束的腊肉中主要优势菌为乳球菌（Lactococcus）和假单胞菌（Pseudomonas）,成熟中期和成熟结束的腊肉中主要优势菌为葡萄球菌（Staphylococcus）、盐弧菌（Salinivibrio）和放线菌（Actinomycetes）。微生物群落结构和多样性在徽派腊肉不同加工阶段存在明显差异。     

襄阳大头菜发酵过程中细菌的多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术研究襄阳大头菜发酵过程中细菌多样性和菌群结构的动态变化。结果表明,24份大头菜发酵液样本共检测出19个门、32个纲、67个目、133个科、293个属、482个种、658个可操作分类单元。在整个发酵过程中,变形菌门和厚壁菌门占据了绝对的优势,相对丰度分别为26.14%～78.12%和8.33%～70.12%。属水平上,盐厌氧菌属(Halanaerobium)、弧菌属(Vibrio)、盐单胞菌属(Halomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)和色盐杆菌属(Chromohalobacter)5个细菌属为优势菌属,在发酵过程中此消彼长。通过聚类分析和主成分分析发现,24个样本可根据细菌群落结构特征划分为2个聚类,将发酵的整个过程分为发酵前期和后期。本研究揭示了襄阳大头菜发酵过程中细菌群落结构的动态演替,为今后大头菜生产的改进提供一定的研究基础。     

仿刺参肠道可培养微生物多样性研究

为了解大连地区仿刺参肠道可培养微生物种群的多样性信息,用2216、TCBS和葡萄糖琼脂培养基从大连地区冬、春两季的仿刺参肠道中共分离得到141株细菌,通过16SrDNA-RFLP分析后,得到17个不同的类群。从各个类群中随机选取代表菌株进行16SrDNA序列测定和系统发育分析,结果表明,大连地区仿刺参肠道细菌主要包括假单胞菌属（Pseudomonas）,弧菌属（Vibrio）,芽孢杆菌属（Bacillus）,希瓦氏菌属（Shewanella）,交替假单胞菌属（Pseudoalteromonas）,不动杆菌属（Acinetobacter）,气球菌属（Aerococcus）,发光菌属（Photobacterium）,葡萄球菌菌属（Staphylococcus）和Kushneria菌属共10个菌属。说明大连地区仿刺参肠道可培养微生物具有一定的多样性。     

传统鱼露发酵过程中细菌群落演替及对其挥发性风味形成的影响分析

采用16S rRNA高通量测序技术研究传统鱼露发酵过程细菌群落演替规律。结果显示,鱼露细菌种类随着发酵时间的延长逐渐上升,在发酵时间6 个月达到最大（312 种）,随着发酵时间延长至12 个月,菌群多样性有所下降但菌群间差异性变小。厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）是鱼露整个发酵过程中最主要的门。盐厌氧菌属（Haloanaerobium）是鱼露发酵过程中最主要的属,随着发酵时间的延长其相对丰度先上升而后下降。与发酵初期（0 个月）相比,发酵中后期发光杆菌属（Photobacterium）、四联球菌属（Tetragenococcus）和盐单胞菌属（Halomonas）等微生物菌群的相对丰度增加最为显著;发酵末期（12?个月）,Halomonas成为优势菌群。采用气相色谱-质谱联用技术研究鱼露发酵过程中的挥发性风味成分,共检测出醛、醇、酮、酯、烃、酸、含氮化合物7?大类共54?种挥发性化合物,并根据气味活性值（≥1）筛选到9 种主体呈香风味化合物。Pearson相关性分析显示Halanaerobium和Halomonas与多种主体挥发性风味化合物的变化呈现一定的相关性。结果表明,细菌群落结构对鱼露特殊的风味形成具有重要影响。     

盐分对新平酸腌菜主发酵期细菌多样性的影响

基于Illumina NovaSeq测序平台,选取无盐和有盐（盐度10%）腌制的新平酸腌菜,对主发酵期（前30 d）理化指标（pH、总酸、亚硝酸盐含量）变化明显的三个时间点的样品进行16S rRNA基因的V3-V4区测序,解析其细菌群落结构差异。结果表明,无盐和有盐腌制的6个酸菜样品共鉴定出22门、339属、902个操作分类单元（OTU）;在门分类水平上两个盐浓度腌制的酸菜样品菌群结构组成相似,变形菌门（Proteobacteria）所占比例均＞40%,处优势地位;在属分类水平上各酸菜样品中共有相对丰度较高的细菌为未分类的蓝细菌属（unidentified-Cyanobacteria）（30.02%）、水生杆菌属（Aquabacterium）（17.65%）、明串珠菌属（Leuconostoc）（19.56%）;有盐腌制组的特异菌属种类较无盐腌制组多;理化指标对菌群影响大小依次为总酸＞亚硝酸盐含量＞pH值。总体而言,无盐与有盐腌制的酸菜细菌结构存在差异,盐分的存在主要影响优势细菌属和特异菌属的差异,进而影响酸菜的风味口感与贮存时间。     

咸丰和当阳地区鲊广椒细菌群落结构差异性研究

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对咸丰地区鲊广椒细菌群落结构进行解析,同时结合之前研究报道的当阳地区鲊广椒样品分析数据,探究不同地区鲊广椒菌群结构的异同。结果表明,咸丰地区鲊广椒优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、片球菌属（Pediococcus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、棒状杆菌属（Corynebacterium）、盐单胞菌属（Halomonas）和明串珠菌属（Leukonostoc）。其细菌的丰度和多样性均极显著高于当阳地区（P＜0.01）,同时,一些低丰度的菌群在两个地区的样品中存在显著差异（P＜0.05）,乳杆菌属和片球菌属为主要优势菌属和核心菌属。此外,两地区鲊广椒中均广泛分布有肠杆菌属（Enterobacter）、克雷伯氏菌属（Klebsiella）和芽孢杆菌属（Bacillus）等致病共栖菌。相关性分析结果表明,鲊广椒发酵菌群彼此间存在密切的相关关系,其制作和生产需要多种微生物的协调作用。