基于高通量测序的冷冻南极磷虾中细菌菌群 结构分析

目的分析冷冻南极磷虾中总细菌菌群和可培养细菌菌群的结构特征。方法提取冷冻南极磷虾中宏基因组,通过高通量测序技术进行总细菌菌群分析;提取冷冻南极磷虾中可培养细菌菌落的总DNA,通过高通量测序技术进行可培养细菌菌群分析。结果冷冻南极磷虾中总细菌菌群多样性丰富,相对丰度大于1%的包括芽孢杆菌属(Bacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、嗜碱菌属(Alkaliphilus)、八叠球菌(Sarcina)、乳球菌属(Lactococcus)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、土壤杆菌属(Sediminibacterium)、未分类菌(unclassified)、罗尔斯顿菌属(Ralstonia)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)以及苯基杆菌属(Phenylobacterium),占总量的85.04%。冷冻南极磷虾中可培养的细菌种类少,主要包括假交替单孢菌属(Pseudoalteromonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)和嗜冷单胞菌属(Psychromonas),相对丰度分别为64.43%、33.47%和1.75%。可培养细菌中占优势的假交替单孢菌属、嗜冷杆菌属和嗜冷单胞菌属仅占总细菌菌群的1.10%。结论本研究初步揭示了南极磷虾细菌菌群的多样性和相对丰度,为进一步研究微生物与南极磷虾品质的相关性奠定基础。     

应用Illumina MiSeq高通量测序技术解析梅干菜中细菌多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对恩施地区梅干菜中细菌多样性进行解析,同时使用传统纯培养技术对乳酸菌进行分离鉴定。结果表明,恩施地区梅干菜中含量最高的优势细菌门为硬壁菌门（Firmicutes）,其平均相对含量高达60.70%。优势细菌属为乳酸杆菌属（Lactobacillus）、假单胞菌属（Pseudomonas）、葡萄球菌属（Staphylococcus）、魏斯氏菌属（Weissella）、鞘脂单胞菌属（Sphingomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、四联球菌属（Tetragenococcus）和棒状杆菌属（Corynebacterium）,其平均相对含量分别为60.50%、8.69%、2.86%、1.73%、1.28%、1.07%、1.03%、1.00%。采用传统培养方法从梅干菜分离出5种共12株乳酸菌,经分子生物学鉴定分别为植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）、短乳杆菌（Lactobacillus brevis）,副干酪乳杆菌副干酪亚种（Lactobacillus paracasei subsp. paracasei）、食品乳杆菌（Lactobacillus alimentarius）和融合魏斯氏菌（Weissella confusa）。恩施地区梅干菜中的细菌主要以乳酸菌为主,且乳酸杆菌多样性较高。     

基于高通量测序分析虾夷扇贝柱菌群结构及腐败优势菌

为揭示虾夷扇贝柱的菌群结构及腐败优势菌,通过对宏基因组DNA进行高通量测序,分析虾夷扇贝柱新鲜和腐败样品的菌群结构,同时对可培养细菌菌群基因组DNA进行高通量测序,分析新鲜和腐败样品可培养细菌菌群的结构特征。结果表明,对宏基因组测序后获得的新鲜虾夷扇贝柱中细菌菌群多样性丰富,其中相对丰度较高的有Candidatus kuenenia（10.73%）、弧菌属（Vibrio,8.15%）、别弧菌属（Aliivibrio,7.38%）、芽孢杆菌属（Bacillus,7.20%）和未分类菌（unclassified,16.08%）;4?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（Photobacterium,46.91%）、别弧菌属（36.82%）和假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas,11.01%）,15?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（46.97%）和别弧菌属（43.33%）,25?℃的腐败优势菌为发光杆菌属（41.94%）、别弧菌属（23.10%）、梭杆菌属（Fusobacterium,18.61%）和乳酸菌属（Lactobacillus,10.60%）。对可培养细菌菌群基因组测序后发现,新鲜样品可培养细菌菌群多样性大大降低,大部分为假交替单胞菌属（89.46%）,在25?℃腐败后,可培养的腐败优势菌为弧菌属（50.98%）、希瓦氏菌属（Shewanella,17.43%）和乳酸菌属（10.68%）。本研究揭示了虾夷扇贝柱新鲜及腐败样品的菌群结构特征及腐败优势菌,为进一步研究微生物对虾夷扇贝柱品质劣化的作用机制提供一定参考。     

不同北方浓香型白酒大曲中微生物组成及理化差异分析

以3种北方浓香型白酒中高温大曲（Q1、Q2和Q3）为研究对象,对其理化指标及微生物多样性进行分析,并采用PICRUSt软件进行基因功能预测。结果表明,3种大曲的糖化酶活力及水分含量差异显著（P＜0.05）;优势细菌属的种类及丰度存在差异,其中糖多孢菌属（Saccharopolyspora）和葡萄球菌属（Staphylococcus）相对丰度在样品Q1中较高,芽孢杆菌属（Bacillus）、肠杆菌属（Enterobacter）、魏斯氏菌属（Weisslla）和粘液乳杆菌属（Limosilactobacillus）相对丰度在样品Q2中较高,果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）和广布乳杆菌属（Latilactobacillus）相对丰度在样品Q3中较高;优势真菌属差异较小,且嗜热子囊菌属（Thermoascus）的相对丰度均较高。果实乳杆菌属（Fructilactobacillus）为样品Q3与样品Q1和Q2的主要差异微生物,且其与糖化酶活力呈显著负相关（P＜0.05）。3种大曲中微生物菌群的代谢相关功能簇丰度较高,且样品Q1细菌菌群的最高（P＜0.05）。     

基于Illumina MiSeq高通量测序分析清香型白酒酒糟微生物群落多样性

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对清香型白酒酒糟中微生物多样性进行研究。结果表明,酒糟样品中细菌菌群的丰富度与多样性均大于真菌,细菌菌群归属于10个门、18个纲、31个目、66个科、86个属、124个种,真菌菌群归属于5个门、11个纲、20个目、33个科、49个属、66个种。优势细菌门（相对丰度≥1.0%）为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroidetes）,优势细菌属为根瘤菌属（Rhizobium）、拉乌尔菌属（Raoultella）、谷氨酸杆菌属（Glutamicibacter）、红球菌属（Rhodococcus）、短波单胞菌属（Brevundimonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单孢菌属（Pseudomonas）、嗜冷杆菌属（Psychrobacter）、Devosia、嗜盐单胞菌属（Halomonas）、未分类-鼠杆菌属（unclassified-Muribaculaceae）、乳杆菌属（Lactobacillus）;优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）、毛霉门（Mucoromycota）及担子菌门（Basidiomycota）,优势真菌属为孢圆酵母属（Torulaspora）、伊萨酵母属（Issatchenkia）、横梗霉属（Lichtheimia）、根霉属（Rhizopus）、曲霉属（Aspergillus）、酵母属（Saccharomyces）。     

酱香型郎酒高温大曲、酒醅和窖泥中细菌群落结构分析

该研究利用高通量测序技术对酱香型郎酒大曲、酒醅和窖泥的细菌菌群进行多样性解析和比较分析。结果表明,郎酒窖泥中细菌菌群的丰富度和多样性最高,大曲中细菌菌群的多样性远高于酒醅。窖泥中主要优势细菌属为乳杆菌属（Lactobacillus）（26.1%）、埃希氏菌-志贺氏菌属（Escherichia-Shigella）（12%）、梭菌属（Clostridium）（7.9%）等,嗜酸乳杆菌（Lactobacillus acetotolerans）作为主体菌,同时存在多种未培养菌种;大曲中的主要优势菌群包括泛菌属（Pantoea）（21.9%）、高温放线菌属（Thermoactinomyces）（21.4%）、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）（19.4%）和乳球菌属（Lactococcus）（9.4%）等;酒醅中主要优势细菌属为片球菌属（Pediococcus）（42.7%）、魏斯氏菌属（Weissella）（32.1%）、芽孢杆菌属（Bacillus）（14.2%）和乳杆菌属（Lactobacillus）（8.3%）,乳酸菌占据优势地位。     

基于高通量测序技术分析恩施州淡豆豉的细菌多样性

以恩施州不同产地5 种细菌型淡豆豉作为实验对象,利用Illumina PE250高通量测序技术,对5 种淡豆豉的细菌群落结构及多样性进行研究。结果表明：5 种恩施州豆豉的微生物组成多样,共鉴定出17 门、24 纲、43 目、78 科、152 属以及93 种。其中核心优势细菌门为厚壁菌门（Firmicutes）,其次为变形菌门（Proteobacteria）、蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,优势菌属为芽孢杆菌属（Bacillus）的嗜热淀粉芽孢杆菌（Bacillus thermoamylovorans）和史密斯芽孢杆菌（Bacillus smithii）。各样品间,优势菌属相同,但相对丰度差异较大,其余次要菌属的种类和相对丰度均存在较大差异,显示出恩施淡豆豉菌群结构的多样性。     

应用16SrDNA克隆文库法分析雪菜低盐腌制过程微生物群落的多样性

雪菜低盐腌制保藏对资源节约,减少含盐废水排放及蔬菜营养保持等具有重要意义。应用构建的16S rDNA克隆文库方法,研究低盐腌制雪菜在不同发酵时期的细菌多样性及主要指标的变化情况。结果表明,整个腌制体系微生物种类丰富,主要分为2大类:肠杆菌目(Enterobacteriales)和乳杆菌目(Lactobacillales)。随着腌制发酵时间的不同,5个不同时期环境中细菌群落组成存在较大的差异。腌制初期阶段,主要优势菌群为肠杆菌目中的肠杆菌属和欧文菌属;发酵中、后期主要优势菌群发生改变,主要为乳杆菌目中的乳杆菌属,其中植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)起主导作用。此外,雪菜腌制过程中乳酸菌数量及pH也相应地发生变化。     

基于高通量测序技术分析豆腐乳中微生物多样性

采用高通量测序技术对4种不同来源发酵豆腐乳中微生物的多样性和丰度进行比对分析。结果表明,纯种发酵与自然发酵豆腐乳样品微生物菌群多样性差异较大,从不同豆腐乳样品中共检测得到3个优势细菌门（平均相对丰度＞1%）、6个优势真菌门、13个优势细菌属和19个优势真菌属;共有优势细菌属为假单胞菌属（Pseudomonas）、乳杆菌属（Lactobacillus）、透明颤菌属（Vitreoscilla）、魏斯氏菌属（Weissella）、不动杆菌属（Acinetobacter）和明串珠菌属（Leuconostoc）,其中,假单胞菌属在自然发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（62.05%）;共有优势真菌属为酵母属（Saccharomyces）、曲霉属（Aspergillus）、德巴利氏酵母属（Debaryomyces）、短梗霉属（Aureobasidium）、假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora）,其中酵母属在纯种发酵豆腐乳中平均相对丰度最高（44.42%）。     

武陵酱香型白酒七轮次高温堆积细菌群落多样性分析

本研究采用Illumina MiSeq高通量测序技术对武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品细菌群落多样性进行了分析。结果表明，武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中共检出39个门和756个属；门水平下，各轮次共有的优势菌门（相对丰度≥1%）为变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes），属水平下细菌的相对丰度平均大于1%，且出现在1个样品以上的核心细菌属有5个，分别为乳杆菌属（Lactobacillus）、醋杆菌属（Acetobacter）、芽孢杆菌属(Bacillus)、克罗彭施泰特氏菌属（Kroppenstedtia）和unclassified f＿＿Bacteria，各轮次共有的优势菌属（相对丰度≥1%）为乳杆菌属（Lactobacillus）和醋杆菌（Acetobacter）。说明武陵酱香型白酒七个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构具有多样性特点，同时菌群群落结构具有一致性和差异性。本研究结果揭示了武陵酱香型白酒7个轮次高温堆积酒醅样品中细菌群落结构与特征，为酱香型白酒高温堆积酿造过程中细菌群落结构变化规律解析提供了理论支持，为实现酱香型白酒高...     

雪里蕻腌菜风味物质的探析

本文分析了雪里蕻腌菜的风味物质,并着重探讨了雪里蕻腌菜的鲜味,香味及特征风味与它的风味物质组成、各种风味物质相对含量的关系。以期发现能显著影响其风味特性的关键成分。为配制雪里蕻腌菜的风味强化剂提供科学依据。同时也为其它蔬菜腌制品风味强化剂的配制提供参考。     

乳酸菌发酵对雪里蕻挥发性物质及品质的影响

为研究菌种强化发酵对雪里蕻品质的影响,采用接种肠膜明串珠菌(Leuconostoc mesenteroides)、植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)、混合乳酸菌(肠膜明串珠菌和植物乳杆菌)发酵雪里蕻与传统自然发酵进行比较,通过感官评定及理化指标测定对发酵后雪里蕻品质进行分析,同时采用蒸馏萃取法提取挥发性物质,利用气相色谱-质谱(GC-MS)仪进行分析。结果表明:植物乳杆菌和肠膜明串珠菌强化发酵处理组优于自然发酵组;其中以植物乳杆菌处理组产生醛、酯类相对含量最高,挥发性物质总相对含量最高,VC损失最少,降低盐含量能力最佳,即植物乳杆菌发酵雪里蕻品质优于其他处理组。     

不同盐度盐渍的雪菜化学及挥发性成分的分析

以新鲜雪菜原料为对照,测定了不同盐渍程度雪菜的酸度、盐度、水分、亚硝酸盐及挥发性成分。 结果表明,盐渍雪菜盐度先 减少后平衡,酸度则逐渐增高,亚硝酸盐先上升后下降,水分含量逐渐下降。 新鲜雪菜（1#样品）、12%盐渍雪菜（2#样品）、16%盐渍雪 菜（3#样品）中分别共检测出12种、33种、55种挥发性成分,主要为醇、酸、酯类物质。 新鲜雪菜的挥发性物质主要为异硫氰酸烯丙酯, 经过腌制后含量下降,使风味更加柔和。 16%盐渍雪菜风味最好,其相对含量较多的挥发性物质主要包括为苯乙醇、苯代丙腈、乙酸、 异丁酸、3-甲基戊酸、4-乙烯基-2-甲氧基苯酚、十六酸甲酯、十六酸乙酯、亚麻酸甲酯、亚麻酸乙酯、β-紫罗酮。     

腌渍蔬菜亚硝酸盐含量及降低措施研究

对不同腌渍期的雪菜和榨菜中亚硝酸盐含量进行分析,研究员VC钠及苯甲酸钠对雪菜、榨菜中亚硝酸盐的影响,结果表明:腌20天(半熟时),亚硝酸盐达最高峰,以后逐渐下降。抗氧化剂异VC钠有一定的阻止硝酸盐还原成亚硝酸盐的作用,而苯甲酸钠无此作用。     

宁波地区传统梅干菜中优势发酵菌株分离鉴定及酶活分析

以宁波地区梅干菜半成品和成品为试验材料,采用十倍稀释法分离其中优势发酵菌株,从半成品中得到7株细菌,分别命名为MGCB1～MGCB7,从成品中得到3株细菌,分别命名为MGC1～MGC3。通过形态学观察、生理生化试验及16S rRNA序列分析对菌种进行鉴定,结果表明,MGCB1～MGCB7分别为枯草芽孢杆菌属(Bacillus subtilis)、空气芽孢杆菌属(Bacillus aerius)、高山芽孢杆菌属(Bacillus altitudinis)、短小芽孢杆菌属(Bacillus pumilus)、琥珀葡萄球菌属(Staphylococcus succinus)、琥珀葡萄球菌属(Staphylococcus succinus)和解淀粉芽孢杆菌属(Bacillus amyloliquefaciens),MGC1～MGC3分别为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、枝芽孢杆菌属(Virgibacillus halodenitrificans)、哥特氏芽孢杆菌属(Cytobacillus gottheilii)。MGCB1和MGCB7产酶能力相对较高,在37℃培养96 h后,蛋白酶活...     

三江镇腌菜中降解亚硝酸盐乳酸菌的筛选和初步鉴定

为筛选具有较强降解亚硝酸盐能力的乳酸菌,本实验经过初筛和复筛从三江镇雪里蕻腌菜中筛选出降解亚硝酸盐能力相对较强的乳酸菌菌株。筛选结果显示菌株对亚硝酸盐最强降解能力达到68h平均降解量32.66μg/mL。采用十六烷基三甲基溴化铵法(CTAB)法提取降解亚硝酸盐能力最强的乳酸菌11号菌株的基因组,测序后进行Blast同源性比较,其与Lactobacillus fermentum strain PL9005的同源性达到98%,并选取同源性较高的菌株构建系统发育进化树,初步鉴定该菌株为Lactobacillus fermentum。     

传统发酵乳制品中微生物多样性研究

为了探究传统发酵乳制品中核心菌群,本研究采用454焦磷酸测序技术对传统发酵酸牛奶、酸马奶和酸驼奶样品中微生物的群落多样性和丰度进行了分析。研究发现,在三份传统发酵乳制品中存在一定共有微生物群。这部分共有微生物的OTU(可分类操作单元)数目较少,但拥有较大比例的序列数。在门水平上,三份样品细菌和真菌菌门分别以Firmicutes(硬壁菌门)和Ascomycota(子囊菌门)为主。在属水平上,酸牛奶样品中的细菌属以Lactococcus(乳球菌属)为主,真菌菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主;酸马奶样品中的细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,真菌属以Vanderwaltozyma(范氏酵母属)为主;酸驼奶样品的优势细菌属以Lactobacillus(乳杆菌属)为主,优势真菌属以Galactomyces(耐碱酵母属)为主。在三份样品共有菌群中Lactococcus与Galactomyces、Lactococcus与Leuconostoc(明串珠菌属)的相对含量存在显著负相关(p<0.05),Leuconostoc与Galactomyces、Gibberella(赤霉菌属)与Prevotella(普氏菌属)的相对含量存在显著正相关(p<0.05)。结果表示,在三份传统发酵乳制品中存在共有微生物群落,且该微生物群群落之间存在一定相关关系。     

基于厌氧环境的低盐雪菜挥发性风味物质分析

为研究厌氧环境对低盐雪菜挥发性风味物质的影响,运用顶空固相微萃取-气-质联用(SPME-GC-MS)分别对低盐、高盐和CO₂、N₂低盐厌氧环境处理的雪菜中挥发性物质进行了分析。结果表明,4组不同的腌制雪菜中共分析出46、40、46和44种挥发性化合物,相对含量分别为91.12%、79.29%、84.17%和88.09%,主要包括酯类、醛醇类、酸类、烷烃及其杂环类物质,一起共同构成了雪菜的整体风味。异硫氰酸酯类化合物为低盐、高盐和低盐CO₂厌氧处理3组雪菜中最主要的挥发性物质,分别占雪菜中酯类物质的72.75%、81.50%和43.29%。低盐量N₂处理组中并未检出异硫氰酸酯类化合物,且醛醇类化合物比其他3组的含量高。雪菜挥发性化合物种类主成分分析(PCA)表明,雪菜挥发性物质中,酯类、醇类、酸类和醛类化合物与不同盐量与保存方式相关。     

红腌菜发酵过程中细菌多样性动态分析

为探究红腌菜自然发酵过程中细菌的组成及演替规律,以工厂发酵和农户发酵红腌菜为研究对象,利用Illumina Miseq高通量测序技术对红腌菜发酵过程中的细菌多样性进行解析,并结合PICRUSt软件预测细菌功能的变化。结果表明,工厂发酵和农户发酵红腌菜共获得有效序列分别为332195和1391172条,聚类后分别得到494和388个OUT;整个发酵过程以变形菌门和厚壁菌门为优势菌门,两者相对丰度之和大于70%;乳酸杆菌目为发酵中后期的优势菌目,工厂发酵和农户发酵样品的相对丰度分别为76.74%～98.05%和53.13%～60.32%;属水平上,工厂发酵样品发酵后期以乳酸杆菌属绝对优势菌属;农户发酵样品以乳球菌属、不动杆菌属、乳酸杆菌属、明串珠菌属为优势菌属。工厂发酵和农户发酵红腌菜样品中细菌群落的主要功能均包含碳水化合物代谢、氨基酸代谢、辅助因子和维生素代谢、其他氨基酸代谢四条KEGG 途径。本研究增强了对红腌菜发酵过程中细菌群落动态演替情况的了解,可为传统红腌菜生产工艺的改进及优良菌种的筛选提供参考。